运用PCR方法检测肉毒神经毒素基因以鉴定肉毒梭菌，只需2～3天。特别是基层CDC在购买不到试验动物的情况下，PCR所具有快速、简便、特异型强的优点无疑可作为肉毒中毒的辅助检测手段和一项有价值的指标。
P．Fach（1993）报道，应用PCR可检出食品样品的肉毒梭菌A型菌株。赵晋、郭宗琪、杨小蓉等（2006）报道，应用PCR可检出肉毒食物中毒的病原菌。用1对人工合成的寡核苷酸引物扩增A型、B型、C型、D型、E型、F型和G型肉毒神经毒素基因的一段264bp的DNA片段，并对两个食物中毒样品的增菌产毒培养液及分离的菌株进行检测，结果从食物中毒样品中检出了肉毒梭菌。从而证明PCR方法能快速、准确地鉴定肉毒食物中毒样品中病原菌。
PCR诊断还存在如下一些问题。如只能检测肉毒梭菌，当中毒食品中只有毒素而无肉毒梭菌存在时，PCR的检测没有诊断价值；其次，按照肉毒食物中毒的判定依据：WS／T83-1996“肉毒梭菌食物中毒诊断标准和处理原则”，并未将PCR方法纳入其中。因此，在实际工作中，PCR方法不能取代GB／T4789．12-2003，只能作为一种有价值的辅助检测方法。
