为了制造符合卫生要求及高质量的食品，在食品加工过程中，除了重视防止原料微生物污染（一次污染）外，还须防止微生物二次污染，即防止制造机械、生产工具等微生物污染，保持制造设备的清洁环境，这也是防止食物中毒等事故最有效的方法。
保持食品加工设备的卫生方法
食品加工机器的洗净，防止食品污染是控制微生物生长繁殖的极重要的手段。设备经清洗后微生物绝对减少，而且洗去了以蛋白质和碳水化合物为主的微生物营养源，杜绝了微生物繁殖。清洗时，使用水和洗涤剂，需达到清洁度高、不影响加工机械及食品质量、操作方便卫生又要安全、废水处理容易、经济的目的。
食品加工设备进行杀菌也是保持设备卫生方法的重要措施，除采用物理杀菌法外，食品机器的杀菌几乎都可用化学杀菌。理想的杀菌剂应该是杀菌范围广、杀菌效果快、对机器及食品质量无影响、杀菌的持续效果高、洗脱容易、万一混入安全无毒、对废水处理设施及环境的不利影响小、经济等要求。工厂可根据微生物污染情况合理选用杀菌剂。国外主要洗净剂和杀菌剂
洗净剂
（1）中性洗剂，用于轻度污染和油污染的清洗，主要有直链烷基磺酸盐为代表的阴离子表面活性剂、聚乙二醇型、多元醇型等非离子界面活性剂。中性洗剂对蛋白质与碳水化合物污物的洗净力不足。
（2）碱性洗剂，根据pH分强碱性洗剂和弱碱性洗剂两类。
主要碱性洗剂的洗涤性能不同，洗净性最佳的为Na2SiO3．5H2O（PH12．1）和NaP2O7（PH10．2）；浸透性最佳的为Na3PO4.12H2O（PH12）；分散性最佳的为PH6．8的（NaPO3）6、Na2SiO3．5H2O、Na2O．NaHSiO3．5H2O（PH12．5）；乳化性最佳的为pH12．0的Na3PO4．12H2O；洗涤性最佳的为Na2SiO3．5H2O（PH12．1）、Na2O．NaHSiO3.5H2O（PH12．5）、Na3PO4．12H2O（PH12．0）；杀菌性佳的是NaOH（PH12．0）、2Na2O．SiO2．5H2O（PH12．8）；防腐蚀性佳的为NaHCO3（PH8．4）、Na2CO3．NaHCO3．2H2O（PH9．9），Na2SiO3．5H2O（PH12．1）、Na5P3O10（PH8．7）和（Na2PO3）6（PH6．8）。
食品厂使用的洗涤剂的种类、成分、用途及特征一般如下：
强碱性洗剂成分为NaOH、无机盐类、有机螯合剂、表面活性剂，主要配合苛性碱，对蛋白质分解和油脂有凝聚作用和杀菌作用，适用于严重无机、有机质污染，用于自动洗瓶机，加热处理设备，乳制品、发酵制品、畜产、水产加工装置，加热处理时除去加工设备上的牢固的有机质与无机质的污染物，与螯合剂配合可除去水锈。
弱碱性洗剂配合Na2CO3、Na3（PO4）2、硅酸钠、三聚磷酸钠等，成分为弱碱性有机及无机盐类、表面活性剂。有分解污物与分散污物的作用及对金属离子的封闭作用，适用于清洗加工机器的床壁输送带等中等程度的油脂、蛋白质、碳水化合物污染、浸渍或半自动洗瓶（果汁饮料瓶）等，氯素系洗剂适用于严重的有机质污染。为了使碱性洗剂的一般表面张力降低，提高浸透性及污物分散性，需加少量表面活性剂。
中性洗剂成分为中性的无机有机盐，为界面活性剂。用于食品原料及容器类手工洗净、一般机器洗净，适用于轻度一般污染，中等污染时要加温冲洗。
酸性洗剂成分为有机酸、无机酸。有机酸为柠檬酸、苹果酸、葡萄糖酸等，无机酸为磷酸类。为表面活性剂。用于除去乳制品、发酵制品机器的乳石；除洗瓶机的水锈；除去严重铁锈、水锈。
杀菌性洗剂成分为无机有机氯素化合物及过氧化物、碘化合物及表面活性剂。有碱性与酸性两种，适合中、轻度的有机无机质的污染，用于各种食品厂机械的壁、床、工作衣、手指的清洗。
氨基磺酸在食品设备中十分广泛地应用于清洁去污。用于清洗酿酒设备中储放酒设备的内壁与底部的结垢、浓度20～25g／l，70℃，再用水冲洗。用于蔬菜预煮设备水垢（碳酸钙和其他各种盐类）的清除（用量3％～5％重量比），温度70℃。用于牛奶输送管道的清洗，防止形成硬水沉淀以及钻炉的清洗（去垢），等等。
杀菌剂次氯酸钠对食品加工设备杀菌效果迅速，对微生物非选择性，能充分发酵杀菌效率，器具表面不会形成皮膜，几乎不受水硬度及其他成分的影响，杀菌浓度低时无毒性，浓度测定容易，是液体、易计量，含有高浓度活性成分，能除去恶臭，价格低廉等优点。但也存在一些缺点，如具有特殊味，能将污染物漂白，冷时冻结，必须保存在低温阴暗处，制品碱度显著影响杀菌效果，使用不当会成为生锈与腐蚀之因，接触有机污染物时会降低杀菌液的浓度，加在含铁水中会产生沉淀不能使用等。
杀菌性界面活性剂在阳离子表面活性剂和两性界面活性剂中，持有杀菌力的大多是阳离子表面活性剂，40℃以上就能杀灭用其他杀菌剂难以死灭的孢子。缺点是在有机物和阴离子表面活性剂共存状态下杀菌力明显下降。
两性界面活性剂以十二（胺）乙氨基甘氨酸为代表，即使有阴离子表面活性剂和有机物存在也不会影响其杀菌力。
过氧化氢为广谱杀菌剂。因为杀菌时间短，要求高温高浓度条件，用于容器、器具的杀菌脱臭。有人认为，H2O2有毒辣性，不能直接用于食品杀菌，多用于无菌化包装纸、塑料容器的表面杀菌。
其他杀菌剂有碘系杀菌剂等。
杀菌洗净剂
为防止微生物二次污染，可使用杀菌洗净剂，具有杀菌与洗净两方面的作用。如氯素、碘素系、胍系、酚系、阴离子等杀菌性洗净剂，使用时各有优缺点。
