棉花苗期在遇到低温阴雨的天气时，易受病菌侵害，造成死苗僵苗，特别是炭疽病和黄枯萎病的危害，会造成无法挽回的巨大损失，所以，棉苗的防病治病工作不容忽视。
1、杀菌剂有两种类型，在选择使用杀菌剂时，要弄清杀菌剂的性质。预防植物发病的杀菌剂又称保护剂，如波尔多液、代森锰锌、多菌灵等；在植物发病后施药，用以杀灭或抑制侵入植物体内的病原菌的药剂，又称治疗剂，在发病初期施用效果较好，如抗枯宁、菌无菌、保治达等复合型杀菌剂。
2、杀菌剂应在上午8～9时，下午4时后喷药。在烈日高温下喷药，不利作物吸收，药剂易分解、蒸发快。
3、杀菌剂不能与碱性农药混用。不能随意加大或减少使用量。药剂应随配随用。
4、杀菌剂多为粉剂、乳剂和胶悬剂，在施用前一定要稀释溶开，先放药，后兑水，再用棍棒搅拌。与其它农药混用时，也应先稀释杀菌剂后混入农药。
5、使用杀菌剂喷雾的间隔期为7～10天喷一次。对粘附性不强、内吸性差的药剂，喷药3小时后遇雨，雨后须重喷。
6、尽快使病株棉苗恢复生长，短期内病株叶片由黄转绿，健壮生长。在防治病害的同时，增强病苗的抗逆性，可喷施含多种微量无素的调节剂（叶面肥）进行调节。
