畜禽粪便中含有大量微生物，在发生传染性疾病时，粪便常常会成为重要的传染源。为减少环境污染，有效切断传染源，在对发病畜禽积极进行治疗的同时，还应对畜禽粪便采取必要的消毒处理措施。常见的粪便消毒方法有如下3种。
掩埋消毒法 选择地势高燥、地下水位较低的地块，挖一个深坑，坑的深度应达到2米以上，坑的大小应视粪便的多少而定，要使掩埋后的粪便表面距地表50厘米为宜。消毒剂可选用漂白粉或新鲜的生石灰。可以采用混合消毒的办法，将消毒剂与污染的粪便充分混合，倒入坑内；也可先将坑内撒入一层消毒剂，然后将污染的粪便倒入，每到入4厘米~5厘米的粪便，就撒入一层消毒剂，粪便顶部撒入一层消毒剂，然后覆土掩埋，顶部堆成土堆儿。5个月~6个月后，可以挖出充当肥料。
生物消毒法 粪便中含有较多的有机质，通过堆积进行生物发酵，产生大量的热量，可杀死粪便中的非芽孢性病原微生物。
饲养量较大的养殖场，收集的畜禽粪便比较稀薄，正常情况下可以采用发酵池法进行生物消毒。在远离居住点和水源的地方，挖筑圆形或方形的消毒池，消毒池的边缘与池底用砖砌好，抹上一层水泥，防止渗水，消毒池深度、宽度均可达到3米，长度视实际需要而定，池口最好盖上水泥盖板，只留一个倒粪口。将每天清除的粪便、垫草倒入池内，直至池满为止。为方便使用，可以建两个发酵池，待装满一个后，在装另一个。每个发酵池装满后，堆积发酵13个月，即可挖出作肥料使用。
如果粪便比较干燥，可以使用浅沟法进行生物发酵。在地面挖一浅沟，深约20厘米，宽1.5米~2米，长度不限，随粪便量确定，先在沟内堆放25厘米厚的非传染性粪便或作物秸秆，再堆放欲消毒的粪便，高达1米~1.5米，然后在粪堆外面再铺上10厘米厚的非传染性粪便或谷草，覆盖10厘米厚的沙土，3个月~5个月后，即可挖出肥田。如若粪便较稀，也可使用此法，但需要加入杂草后再堆积。牛粪含有机质较少，不容易发酵，需要掺入其他动物的粪便或杂草，两者的比例为4∶1。
焚烧消毒法 在发生炭疽、气肿疽、梭菌感染等传染病时，病原菌容易产生芽孢，一般消毒方法又不能杀死芽孢，所以，粪便、饲料、污物需要采用焚烧法进行严格的消毒处理。
规模化养殖场要建设符合要求的粪污处理设施，如建设漏缝地板，将粪便进行干稀分离，稀薄部分进发酵池，干燥部分混合污染的饲料和其他污物，混入柴草后进行焚烧。
