为预防蔬菜根部病害，菜农常用杀菌剂进行灌根，效果虽然好，但是在灌根时的一些注意事项一定不能忽视，否则有副作用。
一是已使用菌肥的棚尽量不用杀菌剂灌根防病。对于使用菌肥的地，使用后易把菌肥中的生物菌杀死，使菌肥失去肥效。如果作物已发生病害，则必须用杀菌剂灌根，不要再考虑菌肥中生物菌是否受伤，以免因小失大，导致病害爆发。
二是灌根后几天内棚内勿浇大水。灌药后立即浇大水，会使药液浓度降低，影响防效。故在杀菌剂灌根后几天内尽量别浇大水，若缺水时，可在定植沟内溜一小水，以水面到垄高1/3为宜，注意千万不要漫过垄面，以免土壤中药液浓度被稀释。
三是使用杀菌剂灌根后，一旦出现萎蔫、黄化、停长等药害症状时应及时补救。马上浇一次水，以稀释土壤中药液浓度，及时用生根剂或爱多收或其他促根剂喷淋灌根，对解药害、恢复植株的长势效果显著。
