动物的粪便加工处理方式多种多样，有物理方法、 化学方法、微生物发酵法、多种方式综合法，其洋法与土法、古老与现代并存，各有优劣，应因地制宜。粪便发酵作肥料的传统老办法是，让其自然堆积发酵5~6个月，作饲料也要二十天或一个月左右，这样臭味散发,既污染环境又造成养分大量流失。而用微生物发酵法处理粪便，不仅能加快发酵过程，缩短发酵时间，防止浪费提高粪便的营养价值；而且能通过发酵产生温度烘干粪便，节省能耗，成本低廉，操作简单，易于推广，因而受到用户欢迎。本方法适合处理鸡粪、猪粪、牛羊粪、鸭粪、鹌鹑粪、兔粪、鸽子粪等动物粪便。
发酵粪便的好处:
原理是通过生物夺氧方式阻止粪便中的病原菌的繁殖；通过产生代谢产物和生理活性物质杀害粪便中的病原微生物，同时发酵过的粪便种产生多种消化酶、提高粪便营养成份的利用率；被微生物分解过的粪便产生有机酸、营养物，还能够激活粪便中的酶原；菌体本身为动物提供营养；合成消耗维生素；影响氮元素代谢；影响糖类物质代谢；影响脂类物质代谢。经过发酵过的粪便能够提高动物免疫系统功能，可提高动物机体抗体水平，产生干扰素、免疫球蛋白，激活巨噬细胞的活性。对消化道、呼吸道、细菌、病毒都有一些作用。发酵过的粪便，扭转了蛋白质的有害转化，减少了粪便中氨气等，因而提高了营养物质的利用、也减少了粪便中氨、磷的含量、减少了水体富营养化保证了动物机体、环境良性互动、动态平衡、循环持续健康发展。
发酵粪便的方法
1） 发酵原料：健康新鲜的粪便。
2） 工具：搅拌机；塑料容器或水泥池（或者土坑垫塑料薄膜）；塑料薄膜；粉碎机（普通农用型）；铁锹。
3） 发酵菌：农富康粪便发酵剂 。
4） 配比：配方一：干粪便150公斤， 粪便发酵剂1公斤；
配方二：湿粪便100公斤，麦麸或稻糠或秸秆粉50公斤， 粪便发酵剂菌种1公斤。
5） 操作规程： ① 将发酵原料按配比准备1000公斤，此为发酵原料待用；
② 将1公斤农富康粪便分解剂倒入50公斤水中稀释搅拌均匀，稀释用水最好为井水或河水，若为自来水请放置24小时后再用；能够适当的溶解一些红糖在里面效果更佳。
③ 如有搅拌机：可以先将粪便混合2分钟后，再倒入菌种稀释液搅拌6分钟；没有搅拌机：用铁锹搅拌按由少到多的原则，即先将菌液稀释液倒入少量发酵原料中搅拌均匀，直到没有团块，然后再将搅拌好的少量发酵原料倒入剩余发酵原料中搅拌均匀，直到没有团块；（注意：视发酵原料干湿程度增减稀释用水水量，稀释的菌液用水应是发酵原料的40%左右，拌成以手握成团，指缝见水但不滴水珠，松手即散为好。注意：水多了易酸，少了发酵不透。如发酵原料较湿，应减少稀释的用水量） 。
④ 将混合后的发酵原料放入塑料容器或水泥池（或者土坑垫塑料薄膜）中，最后装满压实，排去空气后用塑料薄膜密封，一定要完全密闭，适宜温度为25-35℃，发酵5-10天（一般夏4天，春秋7天，冬10天），注意温度和时间的掌握，直到没有臭味含有酒味即为发酵成功。
粪便发酵后喂养猪方法：
猪的重量在10公斤--30公斤 粪便喂养10% 饲料90% 。
猪的重量在30公斤--50公斤 粪便喂养20% 饲料80% 。
猪的重量在50公斤以上 粪便喂养30% 饲料70% 。
按照这个比例喂养和全部喂养饲料相比，不影响生长速度。如果喂养一段时间感觉效果不错，可以适当加量喂养。
粪便发酵后的用途:
1、可以用来养殖鱼虾，不污染水质，既可以作为鱼虾饲料，又可以作肥水产品；
2、可以用来养殖黄粉虫、蝇蛆、蚯蚓建立生态养殖模式；
3、可以制作种植、花卉等生物有机肥。
4、发酵动物粪便作为饲料。如鸡子粪便喂猪，发酵鸽子粪便养猪等等。
