饲料原料是加工饲料的基础，选择原料首先要保证原料的90%来源于已认定的绿色食品产品及其副产品，其它可以是达到绿色食品标准的产品；其次，要注意选购消化率高、营养变异小的原料。据测定，选择高消化率的饲料至少可以减少粪尿中5%氮的排出量。再次是要注意选择有毒有害成分低、安全性高的饲料，以减少有毒有害成分在畜禽体内累积和排出后的环境污染。
饲料的精准加工
饲料加工的精准程度对畜禽的消化吸收影响很大，不同的畜禽对饲料加工的要求是不一样的。李德发（1994）报道，猪饲料颗粒在700μm-800μm之间，饲料的转化率最高。
采用膨化和颗粒化加工技术，可以破坏和抑制饲料中的抗营养因子、有毒有害物质和微生物，改善饲料卫生，提高养分的消化率，使粪便排出的干物质减少三分之一。
配制氨基酸平衡日粮
氨基酸平衡日粮，是指依据"理想蛋白质模式"配制的日粮。即日粮的氨基酸水平与动物的氨基酸水平相适应的日粮。据报道，在满足有效氨基酸需要的基础上，可以适当降低日粮的蛋白质水平。有研究资料表明，畜禽粪便、圈舍排泄污物、废弃物及有害气体等均与畜禽日粮中的组成成分有关。
将猪日粮中的蛋白质含量每降低1%，氮的排出量则减少8.4%。如果将日粮中的粗蛋白含量从18%降低到15%，即可将氮的排放量降低25%。如果将鸡的日粮中蛋白质减少2%，粪便排氮量可减少20%。
粪便污染的恶臭主要由蛋白质的腐败所产生，是日粮中营养物质吸收不全造成的，如果提高日粮蛋白质消化率或减少日粮蛋白质供应量，那么恶臭物质的产生将会大大减少。这不仅可以节省蛋白质资源，而且也是从根本上降低畜禽粪便氮污染的重要措施。
