一、标准作业流程难以有效实施和维持
1、员工素养与习惯问题
许多企业在推行三体系管理时，面临标准作业流程难以有效实施和维持的困境。这首先与员工的基本素养和行为习惯有关。在企业中，员工的素质参差不齐，对于新的标准作业流程的接受程度不同。例如，一些老员工可能已经习惯了传统的工作方式，对新的三体系管理要求下的标准作业流程存在抵触情绪。他们可能觉得新流程繁琐，增加了工作负担，而不愿意去遵守。比如在一家传统机械制造企业，老员工在操作机床时，习惯凭借自己多年的经验，而对于新的基于三体系管理制定的操作流程，如详细的设备检查清单、操作步骤记录等，认为是多此一举，从而不按照规定执行。
员工的培训不到位也是一个重要原因。如果企业没有对员工进行深入、系统的三体系管理标准作业流程培训，员工就难以理解流程的意义和操作方法。例如，企业只是简单地发放一些操作手册，没有进行实际的操作演示和答疑解惑，员工在实际工作中就容易出错。以环境管理体系中的危险废物处理流程为例，如果员工没有经过充分培训，就可能会错误地分类危险废物，导致环境风险增加。
2、缺乏持续监督与改进机制
在标准作业流程的推行过程中，缺乏持续的监督机制是一个难点。企业往往在开始推行时比较重视，会安排人员进行检查，但随着时间的推移，监督力度逐渐减弱。例如，一家企业在推行质量管理体系时，初期会对生产过程中的质量控制点进行频繁检查，但过了一段时间后，由于人员变动或者工作重点转移，检查次数减少，一些质量问题就可能被忽视。
没有建立有效的改进机制也是问题所在。当发现标准作业流程存在问题时，企业如果不能及时进行调整和改进，就会导致流程越来越不适应企业的实际运营。例如，随着市场需求的变化，企业的产品结构可能发生改变，原有的质量管理体系中的抽样检验流程可能不再适用，但如果企业没有及时根据新的产品结构对抽样检验流程进行改进，就会影响产品质量的有效控制。
二、领导支持不足
1、生产与体系管理的权衡
在一些企业中，领导可能更关注生产效益，认为三体系管理会耽误人力物力，影响生产进度。例如，在订单旺季，企业领导可能觉得进行三体系管理相关的培训、内部审核等活动会占用员工的工作时间，从而影响产品的按时交付。他们更倾向于将资源投入到生产环节，以获取更多的订单收入。这种观念的存在使得三体系管理在企业中的推行得不到足够的重视和支持。
领导对三体系管理的认识不足也是一个因素。有些领导可能没有深入了解三体系管理对企业长期发展的重要性，只看到短期的成本投入，而忽视了其带来的潜在效益。比如，通过质量管理体系的有效运行，可以提高产品质量，增强企业的市场竞争力；环境管理体系的良好实施有助于企业满足环保法规要求，避免环保处罚，同时提升企业的社会形象；职业健康安全管理体系能够保障员工的健康和安全，提高员工的工作积极性和忠诚度。但如果领导没有认识到这些潜在效益，就不会积极支持三体系管理的推行。
2、领导示范作用缺失
领导在企业中具有示范带头作用，如果领导自身不积极参与三体系管理，就很难带动全体员工参与。例如，在企业的内部审核活动中，如果领导不重视，不参加审核启动会，不关注审核结果的整改情况，员工就会觉得三体系管理是可有可无的事情。相反，如果领导能够亲自参与到体系管理中，如带头学习三体系管理知识，参加内部审核活动，员工就会更加重视体系管理工作。
三、以过程为基础的管理难以落实
1、理论与实际的脱节
三体系管理强调以过程为基础，即将体系文件运用到实际生产过程中，指导过程的正确、有序运行。然而，在实际操作中，很多企业存在理论与实际脱节的问题。例如，企业制定了详细的质量管理体系文件，其中包括了从产品设计、原材料采购、生产制造到售后服务的各个过程的管理要求，但在实际生产中，由于各种原因，这些要求并没有得到很好的执行。可能是因为市场需求的突然变化，企业为了赶订单而忽视了部分质量控制环节；或者是部门之间的协调不畅，导致原材料采购不符合设计要求，影响了生产过程。
企业在将以过程为基础的管理理念转化为实际行动时，缺乏有效的方法和工具。例如，在职业健康安全管理体系中，要识别工作场所的危险源并进行风险评估，这需要企业采用合适的风险评估方法，如LEC法（作业条件危险性评价法）等，但很多企业由于缺乏专业的人员或培训，无法准确地进行风险评估，从而导致以过程为基础的管理难以有效落实。
2、过程管理的动态性把握不足
企业的生产过程是动态变化的，随着市场环境、技术进步、员工素质等因素的变化而变化。但很多企业在三体系管理中没有充分考虑到这种动态性。例如，随着新技术的引入，生产工艺可能发生改变，原有的环境管理体系中的污染物控制措施可能就不再适用。如果企业不能及时调整管理过程，就会出现管理漏洞。再如，员工的技能水平提高后，原有的职业健康安全管理体系中的一些防护措施可能过于繁琐，影响工作效率，此时需要根据员工实际情况进行调整，但企业往往未能及时做到这一点。
四、全员参与度低
1、员工对体系管理的误解
很多企业的员工存在对三体系管理的误解，认为体系管理是质量部门或者专门管理部门的事情，与自己没有关系。例如，在质量管理体系中，生产部门的员工可能觉得只要按照生产主管的要求生产出产品就可以了，至于产品是否符合质量管理体系的标准是质量部门的事情。这种误解导致员工缺乏参与三体系管理的积极性。
员工没有认识到三体系管理对自身工作的积极影响。实际上，三体系管理的有效实施可以提高员工的工作效率、保障员工的健康安全（在职业健康安全管理体系方面）、提升企业的整体效益从而间接影响员工的收入等。但由于缺乏宣传教育，员工不了解这些潜在的好处，所以不愿意主动参与到体系管理工作中。
2、缺乏激励机制
企业缺乏激励员工参与三体系管理的机制。如果员工在体系管理工作中表现优秀没有得到相应的奖励，而违反体系管理要求也没有受到惩罚，就会导致员工对体系管理工作缺乏重视。例如，在环境管理体系中，如果员工积极参与节能减排措施，如提出合理的节能建议或者在工作中自觉遵守废弃物分类规定，但企业没有给予奖励，如奖金、荣誉称号等，员工就会觉得自己的努力没有得到认可，从而降低参与的积极性。
五、过程记录不被重视
在三体系管理中，过程记录是非常重要的环节。然而，很多企业存在对过程记录不重视的问题。
一方面，员工在填写过程记录时数据不真实。例如，在生产过程中，为了达到产量指标或者避免麻烦，员工可能会虚报生产数据，如将不合格产品数量少报。在职业健康安全管理体系中，员工可能会隐瞒工作中的安全事故隐患情况，这会给企业的安全管理带来很大的风险。
另一方面，过程记录的填写不规范。例如，字迹潦草、随意涂改等现象较为普遍。这使得记录的可读性差，当企业需要对生产过程进行追溯或者进行内部审核、外部审核时，难以从这些不规范的记录中获取准确的信息。例如，在质量管理体系中，产品检验记录如果填写不规范，就无法准确判断产品的质量状况，也难以发现质量问题的根源。
