食品腐败变质以食品本身的组成和性质为基础，在环境的影响下，主要由微生物的作用所引起；是食品本身、环境因素和微生物三者互为条件、互为影响、综合作用的结果。
食品营养成分组成、水分多少、pH值高低和渗透压大小等，对食品中微生物的增殖速度、菌相组成和优势菌种有重要影响，从而决定食品的耐藏与易腐以及腐败变质的进程和特征。
食品微生物污染是指食品在加工、运输、贮藏、销售过程中被微生物及其毒素污染。研究并弄清食品的微生物污染源和途径及其在食品中的消长规律,对于切断污染途径、控制其对食品的污染、延长食品保藏期、防止食品腐败变质与食物中毒的发生都有非常重要的意义。
一、污染食品的微生物来源
食品中微生物污染的来源概括起来可分为内源性污染和外源性污染两大类。
微生物在自然界中的分布十分广泛,不同的环境中存在不同类型和数量的微生物，食品从原料、生产、加工、贮藏、运输、销售到烹调等各个环节,常常与环境发生各种方式的接触,进而导致微生物的污染。
1.内源性污染
凡是作为食品原料的动植物体，在生活过程中由于本身带有的微生物而造成食品的污染，称为内源性污染，也称第一次污染，称为内源性污染，也称第次污染。
动物体在生活过程中污染的微生物一般包括以下两个方面：
第一个方面是非致病性和条件致病性微生物，在正常条件下，这些微生物寄生在动物体的某些部位，如消化道、呼吸道、肠道里的大肠杆菌、梭状芽孢杆菌等，当动物在用宰前处于不良条件时，如长途:长时间的运输过度疲劳，天气过热过冷，以及机体抵扰力下降等，微生物都会趁机侵入到组织器官，造成肉品的污染，在一定条件 下又成为肉品腐败变质和引起食物中毒的重要微生物来源。
第二个方面是致病性微生物。 在动物生活过程中，被致病性微生物感染，在它们的某些组织器官中存在病原微生物，如沙门氏菌、炭疽杆菌布氏杆菌、结核杆菌等，这一类病原微生物感染机体后，在其畜产品中也可能污染相应的微生物。
2.外源性污染
食品在生产加工、运输、贮藏、销售、食用过程中，通过水、空气、人、动物、机械设备及用具等发生的微生物污染称外源性污染，也称第二次污染。
二、微生物污染食晶的途径
1.水污染途径
自然界各种天然的水源江、河、湖、海等各种淡水与咸水，包括地下水中，都生存着相应的微生物。
由于不同水域中的有机物和无机物的种类和含量、温度、pH值、含盐量、含氧量及光照度等的差异，造成各种水域中的微生物种类和数量呈明显差异。
水中微生物的数量主要取决于水中有机物质的含量，有机物质含量越多,其中微生物的数量也就越大。
地面水除了含有自然的水系微生物以外,还会受周围环境的影响，如生活区的污水、医院的污水，以及厕所、动物圈舍等的污染,都可能使水中出现致病性的微生物，这样，水就成了污染源。
被微生物污染的水是造成食品污染微生物的主要途径之一。
2.空气污染途径
空气中也含有一定数量的微生物,它们来自土壤、水、人和动植物体表的脱落物以及呼吸道、消化道的排泄物,可随着风沙、尘土飞扬或沉降而附着于食品上;另外，人体带有微生物的痰沫、鼻涕以及唾液形成的飞沫,在讲话、咳嗽和打喷嚏的时候，可以随空气直接和间接地污染食品。
空气中的微生物主要为霉菌、放线菌的孢子和细菌的芽孢及酵母。不同环境空气中微生物的数量和种类有很大差异。公共场所、街道、畜舍、屠宰场及通气不良处的空气中微生物的数量较多。空气中的尘埃越多,所含微生物的数量也就越多。因此,食品受空气中微生物污染的程度，与空气污染的程度呈正相关。
3.土壤污染途径
在自然环境中，土壤是含有微生物最多的场所。土壤中含有大量的可被微生物利用的碳源和氮源,还含有大量的硫、磷、钾、钙、镁等，以及硼、钼、锌、锰等微量元素,加之土壤具有一定的保水性、通气性及适宜的酸碱度(pH=3.5~10.5),土壤温度变化范围通常在10~30摄氏度之间，而且表面土壤的覆盖有保护微生物免遭紫外线照射的作用，因此，土壤为微生物的生长繁殖提供了有利的营养条件和环境条件,故而土壤素有“微生物的天然培养基”和“微生物大本营”之称。
土壤中的微生物种类十分庞杂，其中细菌占有比例最大，可达70%~80%，放线菌占5%~30%,其次是真菌、藻类和原生动物。
土壤中微生物的数量因土壤类型、季节、土层深度等不同而异。一般来说,在土壤表面,由于日光照射及干燥等因素的影响，微生物不易生存,离地表10~30cm的土层中菌数最多,随土层加深，菌数减少。土壤中的微生物既有非病原性的，也有病原性的。
除了土壤中自身的微生物外，分布在空气、水和人及动植物体中的微生物也会不断进入土壤。土壤中的致病性微生物，主要是动植物残体、人和动物的排泄物，以及废弃物、污水等污染了土壤而产生的。
所以，在食品生产加工运输、储藏、烹调的某个环节，直接落地接触土壤，这些沾染上土壤中腐物和寄生菌的物品，很容易发生腐败变质，如果污染了病源性细菌，则可以对人类的健康造成更严重的危害。
4.人及动物体污染途径
人体及各种动物，如犬、猫、鼠等的皮肤、毛发、口腔、消化道、呼吸道均带有大量的微生物如未经清洗的动物被毛、皮肤上的微生物可达105~106个/cm2.当人或动物感染了病原微生物后。体内会存有不同数量的病原微生物.其中有些是人畜共患病原微生物，如沙门氏菌、结核杆菌、布氏杆菌。这些微生物可以通过直接接触或通过呼吸道和消化道向体外排出而污染食品。
蚊蝇及蟑螂等各种昆虫也都携带有大量的微生物.其中可能有多种病原微生物,它们接触食品同样会造成微生物的污染。
生产人员的工作衣、帽、鞋，如果不清洁，也可能对加工的食品造成污染。
5.机械与设备污染途径
食品加工机械设备本身并没有微生物所需的营养物质,但在食品加工过程中,由于食品的汁液或颗粒黏附于内表面，食品生产结束时机械设备没有得到彻底的清洗和消毒，使原本少量的微生物得以在其上大量生长繁殖，成为微生物的污染源。
这种机械设备在后续的使用中就会通过与食品接触而造成食品的微生物污染。
6.包装材料及原辅材料污染途径
包装材料如果处理不当也会带有微生物。通常一次性包装材料比循环使用的材料所携带的微生物数量少。塑料包装材料由于带有电荷会吸附灰尘及微生物，所以也会对食品造成危害。
健康的动植物原料不可避免地带有一定数量的微生物，如果在加工过程中处理不当，容易使食品变质甚至有引起疫病传播的可能。辅料如各种佐料、淀粉、面粉、糖等，通常仅占食品总量的一-小部分,但往往带有大量微生物。原、辅料中的微生物-是来自 于生活在原、辅料体表与体内的微生物，二是在原、辅料的生长、收获、运输、贮藏、处理过程中的二次污染。
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