只有对食品生产车间内的空气进行严格控制消毒，车间内空气中的微生物含量才能得到有效控制，来杜绝产品的污染，导致产品发霉。
一、化学剂熏蒸消毒
熏蒸消毒是利用消毒药物气体或烟雾，在密闭空间内进行熏蒸达到消毒目的。该方法既可用于处理室内空气（污染的空气），亦可用于处理污染的表面。食品生产经营场所应定期实施熏蒸消毒，以保证生产场所及空气的清洁。
熏蒸的产品现使用较多的（甲醛，高锰酸钾，过氧乙酸，二氧化氯），提醒食品企业请勿使用甲醛，高锰酸钾来熏蒸。
现为什么不建议食品企业使用甲醛熏蒸法来对车间空气消毒
1.消毒灭菌作用时间长，影响生产。如甲醛熏蒸：消毒时间12h，静置4 h，排风8h，消毒一次至少需要24 h。消毒一次要停产2~5天。
2.为了排除刺激性气味，消毒灭菌后长时间开启通风系统，非生产运行时间过长，能源浪费大。
3.需要设置排风系统或设施。
4.易产生二次污染。如甲醛熏蒸会出现多聚甲醛聚合物（白色粉末），附作在洁净室内的维护结构和设备管道表面上，在消毒后几天内，其悬浮离子数会增加，甲醛聚合物也逐渐解聚成甲醛，对生产操作人员危害很大。
5.消毒间隔时间长由于每次化学试剂熏蒸消毒灭菌时间至少需24小时，不能天天进行，因此目前各生产厂家大多采用每月一次大消毒，而微生物污染源——人、物、料、室外新鲜空气等却天天要进出车间，其带入的微生物不能得到及时杀灭，会出现微生物随时间延长而增加的现象。
6.有强烈的刺激性气味，消毒灭菌后长时间滞留在室内环境中，去除残留气味时间长，对生产操作人员身体有害，有致癌作用。
7、有存在食品安全的隐患。
二、臭氧消毒
臭氧的化学性能，三氧原子的不稳定，易分解特性，决定了其氧化能力和杀菌能力很强，对病毒细菌等微生物杀灭率较高，因此，臭氧是一种灭菌剂。
广谱性臭氧在空气中的浓度达到2~15ppm时，对细菌病毒等微生物的内部结构有较强的氧化破坏性，因此，他和甲醛、环氧乙烷、过氧乙酸等化学试剂均属于广谱性灭菌剂。
环保性（或称洁净性）臭氧的半衰期为20分钟左右，臭氧在氧化消毒灭菌后，多余的氧原子在30~40分钟后，又结合成氧分子，不产生任何毒留残物，不存在灭菌后的二次污染问题；同时，增加了室内空气含氧量，还具有很强的除霉、醒、臭等有机物异味的功能，对中药材及其他原辅料的防霉防虫蛀等有明显的作用，改善了洁净室内空气环境品质，因而被称为洁净消毒剂。
由于臭氧是广谱灭菌剂，在一定浓度下，在相对密闭的环境下，扩散均匀，只需30~60分钟，就可以将洁净室内的细菌杀灭，克服了紫外线灭菌存在诸多死角的缺点，可达到全方位的消毒灭菌目的。
经济性把臭氧通入空调系统进行循环消毒，对空气净化设备、过滤系统、介质过滤材料具有防霉变、防堵塞的效果，可以减少空气中悬浮的气溶胶颗粒，提高空气的洁净度，延长净化设备使用寿命，降低运行成本，这是其他方法所做不到的。同时，因为臭氧消毒后不产生二次污染问题，不需要设置排风措施进行二次清洁，降低了空调设施的初投资，不需要设置值班风机，节省了运行费用。
操作简单消毒时，直接将臭氧通入洁净室或空调系统中，根据洁净室的特点，确定消毒时间，设定好定时器，消毒结束后自动关机，操作使用特别简单。
运行时间短使用臭氧消毒时，消毒时间一般在30~60分钟，消毒后，多余的氧原子在30分钟后，又结合成氧分子，前后总计只需60~90分钟即可完成一次消毒，既省时又安全。
三、二氧化氯消毒
优点：
第四代含氯而非氯制剂的过氧化物类消毒剂；
以分子形式存在，氧化杀菌，不生成氯仿等有机卤代物；
无抗药性；
杀灭范围广，对细菌、真菌、病毒、芽孢、艾滋、乙肝等都有很好的抑制和杀灭效果；
不受温湿度、PH值等因素影响；
可根据不同对象来稀释成不同使用浓度；
可采用喷雾、浸泡、擦拭、熏蒸、喷淋等方法；
可用于食品生产的人员、设备、器具、空间环境、生产用水等；
缺点：
有点类似于氯气的刺鼻性气味；
有一个活化的环节。
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