申请有机食品认证企业（单位），须按《有机食品认证技术准则》的要求，建立并完善涵盖如下内容的管理体系：
（一）质量管理手册
质量管理手册是阐述企业质量管理方针目标、质量体系和质量活动的纲领指导性文件，对质量管理体系作出了恰当的描述，是质量体系建立和实施中所应用的主要文件，即是质量管理体系运行中长期遵循的文件。质量保证手册的主要内容包括：
（1）企业概况
（2）开始有机食品生产的原因、生产管理措施
（3）企业的质量方针
（4）企业的目标质量计划
（5）为了有机农业的可持续发展，促进土地管理的措施。
（6）生产过程管理人员、内部检查员以及其它相关人员的责任和权限。
（7）组织机构图、企业章程等。
（二）、操作规程
所有的操作规程都是为了将《质量保证手册》具体化的程序和方法的文件，必须经过企业内部的共同讨论通过并切实地实行。
1）、作物栽培部分
（1）、作物栽培部分操作规程
①种子和种苗的选定及处理办法
②田地的准备方法
③播种及育苗
④基肥和追肥的制作方法
⑤基肥和追肥的施肥管理方法
⑥病、虫草害防除的方法
⑦包括豆科作物在内的轮作制度
⑧对来自水源及周边的污染的防范和处理办法
⑨异常和问题发生时的处理或报告方法
⑩收获的方法（包括防止与普通农产品混合的措施和不合格产品的处理）
（2）、原料收获的管理规程
①收获方法
②有机原料识别批次号编号方法
③从收获到出货的各道工序的批次号编号管理方法
（3）、收获后的各道工序的规程
①从田地到加工厂的运送方法
②加工厂的接货检查程序
③筛选、加工、清洗的作业程序
④临时保管方法（与普通农产品的区分方法、有机标示等）
⑤包装程序
⑥不合格产品的处理方法
（4）、出货规程
①保管方法
②出货的程序（如何与普通农产品的区分方法）
③不合格产品的处理
（5）、机械、设备的维修、清扫规程
①使用前的清洗方法
②维修方法
③灭菌消毒方法
（6）、客户投诉的处理
①投诉的处理方法
②投诉处理记录的完成方法
③投诉原因的调查、改正及预防措施
（7）、给认证机构的报告及接受检查规程
①认证机构的检查计划
②年度栽培计划、实际栽培结果、收获累计、生产损耗及不合格产品的数量、分客户的销售业绩。
（8）、记录管理规程
①完成和修订各种规程及文本数据的方法
②完成、修订后的新文本的使用方法
（9）、内部检查规程
①内部检查的实施计划
②内部检查的责任和权限
③发现问题时的纠正措施
④改正措施效果的验证方法
⑤生产过程的检查实施程序
（10）教育、培训规程
①必要的教育、培训的内容和目的
②认证机构举办的培训班的参加情况
2）、生产加工部分
（1）、有机食品的年度生产计划
①有机食品的年生产计划的制定
（何时、何地、谁、怎样决定了什么计划5W1H）
②计划变更的程序
（2）、原材料的入库及保管
①原料入库的确认内容
②品质检查的方法和合格与否的判断标准
③不合格原料的处理
④合格原料的识别及保管方法
⑤记录的名称和方法
（3）机械设备的维修及清洗
①使用前后的清扫、清洗方法
②机械和器具的维修方法
③消毒方法及消毒后处理、对其效果的确认
④使用药剂的清单
⑤记录的名称和方法
（4）、批号管理
①有机识别用的货物的批次号编号方法
②从原料到产品出货的各道工序的货物批次号编号管理方法
（5）、出货
①产品的检查方法及标准
②不合格产品的处理
③合格产品的保管方法
④出货程序（与普通农产品的区分、向运输人员的交货）
⑤记录的名称及方法
（6）、卫生管理
①工厂内外及相关设施的防虫防鼠方法
②对外委托单位的选择标准
③使用药剂的清单
④记录的名称和方法
（7）、投诉的处理
①接到投诉时的对策
②投诉原因的调查、改正及预防措施
③记录的名称及方法
（8）、给认证机构的报告
①同意接受注册认证机构的检查
②年度栽培计划、实际栽培结果、收获累计、生产损耗及不合格产品的数量、分客户的销售业绩。
（9）、记录管理
①各种规程及文本数据的完成、修改方法
②完成、修改后的新版文本的使用方法
③记录名称
（10）、内部检查
①内部检查的实施计划
②内部检查员的责任和权限
③发现问题时的改正措施
④改正措施效果的验证
⑤记录的名称
（11）、合同内容的确认
①合同及定货要求事项的确认方法
②要求事项的传达及通知事项
③合同内容及定货要求发生变化时的措施
④记录的名称
（12）、教育、培训
①必要的教育、培训内容和目的
②认证机构举办的培训班的参加情况
（三）、记录的完成和保存
文本及数据数据类文件的管理规程（保存时间3年以上）
（四）、内部检查
1、内部检查监督方法规程
2、对操作规程进行定期重新审阅、修订的规程
3、对生产过程进行检查和确认并提出改进意见的规程
4、对各类记录进行确认、签字认可规程
（五）、合同内容的确认
为了确认和履行合同及定单要求的规程
（六）、教育和培训
对本企业参与有机生产经营活动的所有成员进行的必要的教育和培训规程。
