无论是食品安全管理体系，还是危害分析与关键控制点（HACCP）体系，根据HACCP原理，对微生物的控制和管理要从以上方面进行充分的危害分析，特别针对不同食品中易产生的致病菌进行识别，确定可接受水平，制定相应的控制措施并实施控制，从而预防因致病菌导致食品安全事故的情况发生，为企业减少损失和降低风险。
一、食品生产中可能存在的致病菌
食品中的致病菌是指可以引起食物中毒或以食品为传播媒介的致病性细菌。常见的致病菌主要有金黄色葡萄球菌、沙门氏菌、肉毒梭状芽孢杆菌等。
致病性细菌直接或间接污染食品和水源，人经口感染可导致肠道传染病的发生、食物中毒以及畜禽传染病的流行。食源性致病菌是导致食品安全问题的重要来源。
致病菌会产生内毒素和外毒素。外毒素主要是由革兰氏阳性菌产生（肉毒毒素、金黄色葡萄球菌等），内毒素（热原）主要由革兰氏阴性菌产生（脂多糖）。致病微生物引起食物中毒发生的机理主要有感染型（内毒素）、毒素型（外毒素）和混合型三种。
食品中致病菌限量执行：GB29921-2021 食品安全国家标准 食品中致病菌限量
上表给出了食品中致病菌的控制要求和可接受水平。
二、控制措施
一）基础控制措施实施
食品安全管理体系中的前提方案（PRP），HACCP体系中的良好生产规范（GMP）。主要有：
1、中国国内食品企业
中华人民共和国食品安全法
食品生产通用卫生规范GB14881-2013-我国食品PRP和GMP的总则
（1）罐头食品生产卫生规范 GB 8950
（2）畜禽屠宰加工卫生规范 GB 12694
（3）蒸馏酒及其配制酒生产卫生规范 GB 8951
（4）啤酒生产卫生规范 GB 8952
（5）饮料生产卫生规范 GB 12695
（6）食品安全国家标准乳制品良好生产规范GB12693
（7）膨化食品生产卫生规范 GB 17404
（8）保健食品良好生产规范GB 17405
（9）食品安全国家标准 酱油生产卫生规范GB 8953
（10）食醋生产卫生规范 GB 8954
（11）包装饮用水生产卫生规范 GB 19304
（13）蜜饯生产卫生规范 GB 8956
（14）糕点、面包卫生规范GB 8957
（15）食用植物油及其制品生产卫生规范 GB8955
（16）速冻食品生产和经营卫生规范GB 31646
（17）食品接触材料及制品生产通用卫生规范 GB 31603
（18）水产制品生产卫生规范 GB 20941
等等……
2、中国出口食品企业
除了遵守以上国内相关要求外，还应遵守
出口食品生产企业安全卫生要求-通用准则
专则共10类，包括肉类屠宰加工、罐头、水产品、饮料、速冻方便食品、速冻果蔬、脱水果蔬、肠衣、茶叶、泡菜生产企业注册卫生规范
出口国的相关要求（如：欧盟微生物限量、日本食品卫生法、美国食品生产企业GMP法规等）。
根据以上要求转化成企业的具体要求，加以实施。
二）对面上的致病微生物控制
对面上的致病微生物控制一般是指食品安全管理体系中的操作性前提方案（OPRP）、HACCP体系中的卫生标准操作程序（SSOP）
有些致病菌需要通过OPRP或SSOP控制措施的实施和CCP（关键控制点）的实施才能达到预期的控制效果，满足可接受水平的要求。
通过实施OPRP或SSOP反映食品卫生质量的细菌污染指标的控制程度可分为二个方面进行监控，一是菌落总数（环境污染），二是大肠菌群（个人卫生）。
菌落总数、大肠菌群检测可按照：GB4789的检测方法进行，可接受水平根据具体产品的执行标准确定。
OPRP和SSOP主要控制方面：
1、与食品或食品接触表面接触的水或生产用冰的安全
2、食品接触表面的状况和清洁
3、防止交叉污染
4、洗手、手消毒和卫生间设施的维护
5、防止外来物质对食品、食品包装材料和与食品6接触的表面污染
6、正确标识、存放和使用有毒化合物
7、员工健康状况的控制，避免对食品、食品包装材料和与食品接触的表面造成微生物污染
8、害虫的灭除
9、废弃物的处置和管理
其他相关可操作性的要求（如储存、运输、车间温度控制……）
三）对点上的致病微生物控制
控制致病菌危害常用的方法有：
1、控制pH值
pH 4.6是酸性食品和低酸性食品的分界限。
肉毒杆菌孢子不能在pH4.6以下的酸性食品中发育及产生毒素，肉毒杆菌在pH值小于4.8时，不会产生毒素
要使得低酸食品成为酸性食品，可以采用直接添加酸，或者通过发酵产酸的方式。这个过程称为酸化，酸化的目标通常为pH<4.6
2、控制水分活度
微生物对水分活度的最低要求如：霉菌0.75、酵母菌0.88、肉毒杆菌0.93、金黄色葡萄球菌0.85、沙门氏菌0.93……
当水分活度<0.93时，大部分微生物生长受到抑制。
水分活度0.85是致病菌生产并产毒的界限（根据金葡产生毒素的最低水分活度得来），水分活动在0.85以上的是高风险食品。（水分活度低于0.6为致病菌污染低风险食品、水分活度0.6-0.85为致病菌污染中等风险食品、水分活度高于0.85为致病菌污染高风险食品）
控制水分活度的两种传统方法：干燥（总水分，自然干燥—暴晒、阴干；人工干燥—热空气、喷雾、真空、冷冻）或腌制（游离水，盐或糖）
3、冷藏和冷冻
某些食品（如：水分活度>0.93、pH>4.6等）置于微生物繁殖的危险温度（5℃-46℃）区间的时间尽量不要超过4小时，超过以后容易感染致病菌，并导致致病菌的大量繁殖。
在加工过程中有些场所或设备的温度应控制在0-4℃（如禽类屠宰分割的预冷工序、肉制品的腌制工序、畜类屠宰分割过程中的预冷排酸、水果蔬菜等某些食品的保鲜等），
冷冻一般控制在冷冻温度在-28℃以下，冷藏温度一般控制在-18℃以下
冷藏温度对控制病原菌的生长确实起到了很好的作用，但李斯特菌和耶尔森氏菌在接近冻结点时仍可生长。
4、热处理
1）热力杀菌的原理：
a）酵母菌的大部分营养细胞在50-58℃下10-15min，孢子细胞在60℃下10-15min，即会死亡，若加热到100℃，所有酵母在数分钟内死亡。
b）大多数霉菌菌丝和孢子在60℃下经5-10min会死亡。
c）细菌具有更强的耐热性，在70℃下30min后死亡。细菌孢子在100℃下耐受数小时也不死亡。
d）食品中大多数酶，在70-80℃情况下就会失活。
热力杀菌主要是利用高温使细菌菌体变性或凝固，酶失去活性，而使细菌死亡。高温变可导致细菌的膜可能损伤而使小分子物质以及降解的核糖体漏出。
2）热力杀菌是最可靠而普遍应用的杀菌法，包括湿热杀菌和干热杀菌法：
湿热杀菌主要有：煮沸法、流通蒸汽杀菌法、间歇杀菌法、巴氏消毒法、高压蒸汽杀菌法。
干热杀菌主要有：干烤、烧灼和焚烧、红外线、微波
按杀菌过程可分为：（1）间歇式杀菌、（2）连续式杀菌
3）在热力杀菌过程中要确定相关的杀菌值：
F值：即在恒定的加热标准温度条件下（121℃或100℃），杀灭一定数量的细菌营养体或芽胞所需要的时间（min），也称为杀菌效率值、杀菌致死值或杀菌强度。
D值：即在指定的温度条件下（如121.℃、100℃等）杀死90%原有微生物芽孢或营养体细菌数所需要的时 （min）
Z值：表示使加热致死时间变化为10倍时所需的温度。
从而确定杀菌公式。
对于水分活度大于0.85的高风险食品，生物危害的控制目标应当在6D-12D，达到灭菌效果。
内毒素有很强的耐热性，在121℃、30分钟的干热环境下无法破坏其活性，只能经过180-200℃、30-60分钟干热才能处理。
对于加工环境，生物危害的控制目标应当在3D达到灭菌效果。
5、辐照
辐射加工，是指将电子加速器（0.2MeV~10MeV）产生的电子线（β射线）或放射性同位素（Cs-137或Co-60）产生的γ射线的能量转移给被辐照物质，电离辐射作用到被辐照的物质上，产生电离和激发，释放出轨道电子，形成自由基，通过控制辐射条件，而使被辐照物质的物理性能和化学组成发生变化并能使其成为人们所需要的一种新的物质，或使生物体（微生物等）受到不可恢复的损失和破坏，达到人们所需要的目标。这种新的加工技术称为辐射加工技术。比如，使高分子材料分别实现接枝、聚合、裂变或交联，抑制或刺激生物生长，有效地杀灭害虫、虫卵、致病菌等。
可能使用到主要品种
1）特殊食品：病人食用的无菌食品。
2）脱水食品：洋葱粉、八角粉、虾粉、青葱、辣椒粉、蒜粉、虾仁等脱水产品。
3）延长货架期的食品：月饼、袋装肉制品、果脯等产品。
4）冻品：冻鱿鱼、冻虾仁、冻蟹肉、冻蛙腿等产品。
5）保健品：减肥茶、洋参、花粉、灵芝制品、袋泡茶、口服美容保健食品、螺旋藻等。
根据以上的控制方法、食品类别、食品的预期用途等确定食品相关的CCP（关键控制点）实施控制。
