HACCP认证初次认证审核分为两个阶段实施：第一阶段和第二阶段。
第一阶段审核
第一阶段审核的目的是调查认证委托人是否已具备实施认证审核的条件和确定第二阶段审核的关注点，第一阶段审核应关注但不限于以下方面内容：
（1）收集关于认证委托人的HACCP体系范围、过程和场所的必要信息，以及相关的法律、法规、标准要求和遵守情况；
（2）充分识别委托加工等生产活动对食品安全的影响程度；初步评价认证委托人厂区环境、厂房及设施、设备、人员、卫生管理等是否符合相对应的良好生产/卫生规范的要求；
（3）了解认证委托人对认证标准要求的理解，评审认证委托人的HACCP体系文件和食品安全方针的适宜性。重点评审认证委托人体系文件的符合性、适宜性，特别关注关键控制点、关键限值的确定及其支持性证据。
（4）了解认证委托人的HACCP体系和现场运作，评价认证委托人的内部审核、管理评审、运作场所和现场的具体情况及体系的实施程度，确认认证委托人是否已为第二阶段审核做好准备，并与认证委托人商定第二阶段审核的细节，明确审核范围，为策划第二阶段审核提供关注点。
第一阶段应在认证委托人现场实施，以达到第一阶段的审核目的。当认证委托人已获得同一认证机构颁发的其他以HACCP原理为核心的食品安全相关认证证书，且证书有效时，认证机构经过风险评估后，第一阶段可不在现场实施，但应确保第一阶段的目的已全部实现，且记录未在现场实施的原因。
应告知认证委托人第一阶段的审核结果可能导致推迟或取消第二阶段审核。
第二阶段审核
第二阶段审核应在认证委托人现场实施，目的是评价认证委托人HACCP体系实施的符合性和有效性。
第二阶段审核应在具备实施认证审核的条件下进行，第一阶段审核提出的影响实施第二阶段审核的问题应在第二阶段审核前得到解决。
第二阶段审核应重点关注但不限于以下方面内容：
（1）与认证依据文件中所有要求的符合性；
（2）与我国和进口国（地区）适用法律、法规及标准的符合性，以及出口食品生产企业安全卫生要求的符合性（适用时）；
（3）管理职责的履行、食品安全方针的贯彻、目标的达成；
（4）HACCP体系范围内对应产品的良好生产/卫生规范要求的符合性；
（5）前提计划及HACCP计划实施的有效性，对产品食品安全危害的控制能力；
（6）原辅料及与食品接触材料的食品安全危害识别的充分性和控制的有效性；
（7）生产过程中对食品安全危害控制的有效性；
（8）产品可追溯性体系的建立及不合格产品的控制；
（9）食品安全验证活动的有效性及食品安全状况；
（10）认证委托人对投诉的处理；
（11）内部审核和管理评审。
对于第一阶段审核过的HACCP体系的相应部分，被确定为实施充分有效并符合要求的，第二阶段可以不再对其审核，但认证机构应确保HACCP体系已审核的部分持续符合认证要求。第二阶段的审核报告应包含第一阶段审核中的审核发现，并且应清楚地表述第一阶段审核已经确立的符合性。
第一阶段和第二阶段审核的间隔应不超过6个月。如果超过6个月，应重新实施第一阶段审核。
在审核中应通过适当的抽样来获取与审核目的、范围和准则相关的信息并进行验证，使之成为审核证据。信息获取方法可包括面谈、观察、文件和记录的审查等。
审核组应确定审核发现（概述符合性并详细描述不符合），并予以分级和报告，为认证决定或保持认证提供充分的信息。
对于审核中发现的不符合，认证机构应出具书面不符合报告，要求认证委托人在规定的期限内分析原因、说明为消除不符合已采取或拟采取的具体纠正和纠正措施，并提出明确的验证要求。认证机构应评审认证委托人提交的纠正和纠正措施，以确定其是否可接受。认证委托人对不符合采取纠正和纠正措施的时间不得超过3个月。
审核组应对在第一阶段和第二阶段审核中收集的所有信息和证据进行分析，以评审审核发现并就审核结论达成一致。
审核组应为每次审核编写书面审核报告，认证机构应向认证委托人提供审核报告。认证机构如须向行业主管部门或其他第三方提供审核报告时，应获得认证委托人同意。审核报告应提供对审核的准确、简明和清晰的记录，为认证决定提供充分的信息，并应包括或引用下列内容：
（1）认证委托人的名称、场所、地址和审核范围；
（2）审核的类型、准则和目的；
（3）审核组组长、审核组成员及其个人注册信息；
（4） 审核活动的实施日期和地点，包括固定现场和临时现场；
（5）对偏离审核计划情况的说明，包括对审核风险及影响审核结论的不确定性的客观陈述；
（6）与审核类型的要求一致的审核发现、对审核证据的引用及审核结论，特别是对食品安全危害控制措施实施有效性的评价；
（7）发现的不符合项和其他未解决的问题；
（8）适用时，在上次审核后发生的影响客户HACCP体系的重要变更；
（9）审核组的推荐意见。
