在HACCP的七个基本原理中，原理一就是"危害分析和预防措施"，要想做好危害分析，食品加工者必须获得潜在危害的有关知识，弄清楚危害的概念。在HACCP中，"危害"指的是食物中可能引起疾病或伤害的情况或污染。这些危害主要分为三大类即：生物的危害、化学的危害和物理的危害。而在食品中发现的令人厌恶的昆虫、毛发、脏物或腐败等，因为它们经常不是直接的与产品的安全有关，除非这些条件直接影响到食品的安全，否则，它们不在HACCP计划的控制范围之内。但这不等于说这种现象是可以容忍的，它们将由良好操作规范（GMP）和卫生标准操作程序（SSOP）来控制，也就是说HACCP不是一个孤立的系统，而是建立在GMP和SSOP基础之上的。它们的关系在以后的文章中还会具体谈到。
在影响食品安全的三大类危害中，生物的危害占80%~90%。生物的危害包括有害的细菌、病毒和寄生虫。食品中的生物危害既有可能来自于原料，也有可能来自于食品的加工过程。微生物种类繁多分布广泛，被划分成各种类型。食品中重要的微生物种类包括：酵母、霉菌、细菌、病毒和原生动物。酵母、霉菌一般不引起食品中的生物危害（虽然某些霉菌产生有害的毒素，毒素属化学危害），只有细菌、病毒和原生动物能引起食品的生物危害，使食品不安全。
在生物危害中，有害细菌引起的食品危害又占到90%。细菌危害是指某些有害细菌在食品中存活时，可以通过活菌的摄入引起人体（通常是肠道）感染或预先在食品中产生的细菌毒素导致人类中毒。前者称为食品感染，后者称为食品中毒。这些致病菌根据其有无芽胞可分为芽胞菌和非芽胞菌，芽胞菌有肉毒梭菌、产气荚膜梭菌和蜡样芽梭菌；非芽胞菌有流产布氏杆菌、猪布氏杆菌、空肠弯曲杆菌、致病性大肠杆菌如O157：H7大肠杆菌、李斯特菌、沙门氏菌属、贺氏杆菌、致病性金黄色葡萄球菌、脓性链球菌和弧菌等。由于细菌是活的生命体，需要营养、水、温度以及空气条件（需氧、厌氧或兼性），因此通过控制这些因素，就能有效地抑制、杀灭致病菌，从而把细菌危害预防、消除或减少到可接受水平，例如，控制温度和时间是常用且可行的预防措施，低温可抑制微生物生长，加热可以杀灭微生物。病毒象其它微生物一样到处存在。它们非常小，自身不能再生，病毒只有进入一个合适的寄主内时，才能利用寄主细胞内的材料进行复制生长。与食品安全有关的病毒主要有肝炎A型病毒和诺活克病毒。病毒传递到食品通常与不良的卫生状况有关，通过充分加热产品和防止加热后的交叉污染可以预防。
寄生虫也是需要有合适的寄主才能存活的生物。世界上有几千种寄生虫，只有约20%的寄生虫能在食物或水中发现，通过食品感染人类的大约有100种，它们主要是线虫、绦虫、吸虫和原生动物等。原生动物是单细胞动物，食品中寄生的原生动物有痢疾阿米巴、肠伯氏鞭毛虫等，它们对人体都能造成危害。通过彻底加热食品可以杀死所有食品所带的寄生虫。化学危害也有三类。一类是天然的化学物质，如霉菌毒素、组胺、鱼肉毒素和贝类毒素等，它们主要存在于植物、动物和微生物中。二是有意添加的化学药品--食品添加剂，如防腐剂、营养添加剂和色素添加剂等。这些化学物质并不总是代表危害，只有它们的用量超过了规定的使用量时，才会对消费者造成潜在的危害。第三类化学危害是无意地或偶然加入的化合物。如农用杀虫剂、除草剂、抗菌素和生长激素等的残留、有毒元素超标、消毒剂和清洁剂等污染食品都有可能造成化学危害，这种危害最难控制，也是我国目前遭受贸易壁垒最多的一种危害。化学污染可以发生在食品生产和加工的任何阶段。要消除这种危害，必须从种养殖的源头抓起，否则，危害一但进入食品，就很难再将其消除。
物理的危害包括任何在食品中发现的不正常的潜在的有害的外来物，如玻璃、金属等。这类危害是最常见的消费者投诉的问题，因为伤害立即发生或吃后不久发生，并且伤害的来源是容易确认的。
对影响食品安全的任何危害，在HACCP计划中都要采取相应措施，将其消除或降低到可接受水平。由于危害的种类很多，且危害的种类是随时随地不断发展变化的，食品加工者应通过各种媒体，获得食品潜在危害的有关知识，以确保食品安全。
