常用的有甲醛（35～40%的甲醛水溶液）、过氧化氢、次氯酸钠等，其中过氧化氢使用较多，浓度3%，消毒时间0.5小时以上。常用化学消毒剂见下表：
| 消毒剂 | 有效浓度 | 作用时间 |
| 非膜系统 | - | - |
| 次氯酸钠 | 100-200ppm | 30-60min |
| 膜系统 | - | - |
| 过氧化氢 | 3-5ppm | 30min |
| 过氧乙酸 | 1.00% | 30min |
| 甲醛 | 0.50% | 30min |
| 异噻唑啉哃 | 50ppm | 120min |
注：如企业采用化学消毒方法，应当规定消毒后残留的化学消毒剂的冲洗方法。
二、臭氧消毒
目前在纯化水系统中能连续去除细菌和病毒的最好方法，但需在使用点前安装紫外线灯。适用于纯化水管道的消毒。
三、紫外线消毒
波长200nm～300nm的紫外线有较强的杀菌能力，在253.7nm的光线效果最好，安装位置离使用点越近越好，其后安装除菌级滤器。可与热消毒法或化学消毒法配合使用，有利于过氧化氢和臭氧的降解。
注：紫外灯灭菌的光强随时间衰减，应当有光强度检验或时间记录仪，以便定期清洗或更换紫外灯管。
四、巴氏消毒（热力消毒）
纯化水系统采用，较少见。一般保持管道系统内60～80℃的温度，30～60分钟。适用于活性炭过滤器、软化器和储存循环管路。
五、蒸汽消毒
蒸汽消毒水管系统要能用纯蒸汽（如121℃，0.2 MPa）灭菌。储罐/管道须有灭菌、消毒接口，若采用蒸汽灭菌，应当设置足够的疏水器。适用于耐压容器和管道。
特别说明
石英砂、活性炭过滤器的冲洗更换、树脂的再生、滤芯/滤膜（保安过滤器的滤芯、反渗透膜等）、在线灭菌部件的更换等等的保养频次以部件生产厂商规定的为依据，可依据制水系统的使用频次和制水量的大小等因素进行维护保养频次的规定，并形成验证文件。
水系统的储水桶、输送管道的清洗、消毒或灭菌等清洗消毒操作后，需对制备的工艺用水进行检验，验证清洗消毒的效果，形成清洗、消毒或灭菌有效性的验证报告。
