1.关于产业政策的执行
食品生产许可申请人应当遵守国家产业政策，执行《国务院关于发布实施〈促进产业结构调整暂行规定〉的决定》、《国务院关于实行市场准入负面清单制度的意见》、国家发展改革委关于《产业结构调整指导目录》有关规定以及质检总局、国家发展改革委《关于工业产品生产许可工作中严格执行国家产业政策有关问题的通知》。各省在产业政策执行方面存在争议的，报省级人民政府协调解决。
2.关于出口加工区内食品生产企业及仅以出口为目的食品生产企业取证问题。
根据《中华人民共和国食品安全法》、《出口加工区加工贸易管理暂行办法》有关规定，出口加工区内食品生产企业无需申请办理食品生产许可证。出口加工区外的食品生产企业仅以出口为目的，无需申请办理食品生产许可证；如果食品生产企业所生产的食品在国内销售，应当依法取得食品生产许可证。
3.关于农民专业合作经济组织能否作为食品生产许可申请主体问题。
根据《农民专业合作社登记管理条例》，农民专业合作组织可以经登记机关依法登记，领取农民专业合作社法人营业执照，取得法人资格。因此，农民专业合作组织可以作为食品生产许可申请主体，以营业执照载明的主体名称作为申请人的名称。
4.关于许可分类目录有关问题。
原食品生产许可审查细则未明确的食品品种且《食品生产许可分类目录》中食品明细未包含的食品品种，监管部门可以根据产品的产品属性、工艺特点、生产要求等，按照相类似产品审查细则及相关食品安全标准制定审查方案，组织进行审查。
5.关于逾期未提出延续申请的许可。
《食品生产许可管理办法》第三十四条规定：食品生产者需要延续依法取得的食品生产许可有效期的，应当在该食品生产许可有效期届满30个工作日前，向原发证的市场监督管理部门提出申请。食品生产许可有效期届满前不足30日提出申请的，按重新申办食品生产许可受理，有效期届满前无法做出许可决定的，企业应当在许可有效期届满后停止生产，待许可机关做出准予许可决定后方可恢复生产。重新办理的食品生产许可证编号可沿用原许可证编号。食品生产许可证有效期届满后再提出申请，视为重新申办食品生产许可。
