菌落总数
菌落总数是指示性微生物指标，并非致病菌指标，主要用来评价食品清洁度，反映食品在生产过程中是否符合卫生要求。《食品安全国家标准熟肉制品》（GB 2726—2016）中规定熟肉制品（除发酵肉制品外），一个样品的5次检测结果均不得超过105CFU/g且至少3次检测结果不超过104 CFU/g。《食品安全国家标准 糕点、面包》（GB 7099—2015）中规定，糕点中的菌落总数5次检测结果均不超过100000CFU/g且至少3次检测结果不超过10000CFU/g。《食品安全国家标准蜜饯》（GB 14884—2016）中规定，单个蜜饯样品的5次检测结果均不得超过104CFU/g且至少3次检测结果不超过103CFU/g。《食品安全国家标准冲调谷物制品》（GB 19640—2016）中规定，同批次5个独立包装产品中菌落总数的检测结果不允许有超过105CFU/g的，且至少3个包装产品检测结果不超过104CFU/g。菌落总数超标可能是个别企业所使用的原辅料初始菌数较高，又未按要求严格控制生产加工过程的卫生条件，或者包装容器清洗消毒不到位，还有可能与产品包装密封不严、储运条件控制不当等有关。
大肠菌群
大肠菌群是国内外通用的食品污染常用指示菌之一。食品中大肠菌群不合格，说明食品存在卫生质量缺陷，提示该食品中存在被肠道致病菌污染的可能，对人体健康具有潜在危害，尤其对老人、小孩的危害更大。《食品安全国家标准 豆制品》（GB 2712—2014）中规定，同一批次样品5个独立包装的大肠菌群检测结果均不得超过1000CFU/g且至少3个独立包装的检测结果不超过100CFU/g。《食品安全国家标准坚果与籽类食品》（GB 19300—2014）中规定，一个样品的5次检测结果均不得超过100 CFU/g且至少3次检测结果不超过10 CFU/g。《食品安全国家标准 冲调谷物制品》（GB 19640—2016）中规定，同批次5个独立包装产品中大肠菌群的检测结果不允许有超过102CFU/g的，且至少3个包装产品检测结果不超过10CFU/g。造成大肠菌群超标的原因，可能是产品的加工原料、包装材料受污染，或在生产过程中产品受到人员、工具器具等生产设备、环境污染、有灭菌工艺的产品灭菌不彻底等。
霉菌
霉菌是自然界中常见的真菌，霉菌污染可使食品腐败变质，破坏食品的色、香、味，降低食品的食用价值。《食品安全国家标准坚果与籽类食品》（GB 19300—2014）中规定，熟制坚果与籽类食品中霉菌的最大限量值为25CFU/g。《食品安全国家标准冲调谷物制品》（GB 19640—2016）中规定，同批次5个独立包装产品中霉菌的检测结果不允许有超过102CFU/g的，且至少3个包装产品检测结果不超过50CFU/g。造成霉菌超标原因，可能是原料或包装材料受到霉菌污染，产品在生产加工过程中卫生条件控制不到位，生产工器具等设备设施清洗消毒不到位或产品储运条件不当而导致。
霉菌和酵母
霉菌和酵母是常见的真菌，在自然界中广泛存在。受霉菌和酵母污染后会使产品腐败变质，破坏产品的色、香、味，降低其食用价值。《食品安全国家标准 保健食品》（GB 16740—2014）中规定，霉菌和酵母不得超过50CFU/g或50CFU/mL。霉菌和酵母超标的主要原因，可能是加工用原料受污染，或者是产品存储、运输条件控制不当，导致流通环节抽取的样品被污染。
阪崎肠杆菌
阪崎肠杆菌是奶粉（乳）制品中新发现的一种致病菌。由其引发的婴儿、早产儿脑膜炎、败血症及坏死性结肠炎散发和暴发的病例已在全球相继出现。多份研究报告表明婴儿配方奶粉是当前发现致婴儿、早产儿脑膜炎、败血症和坏死性结肠炎的主要感染渠道，在某些情况下，由阪崎肠杆菌引发疾病而导致的死亡率可达40%～80%。《食品安全国家标准 婴儿配方食品》（GB 10765—2010）中规定，阪崎肠杆菌（仅适用于供0-6月龄婴儿食用的配方食品）为不得检出。检出阪崎肠杆菌原因，可能是生产原料本身受到阪崎肠杆菌的污染；生产加工环境和设备中的阪崎肠杆菌污染产品。
嗜渗酵母计数
蜂蜜中嗜渗酵母对蜂蜜品质影响较大，是导致蜂蜜发酵的重要原因。《食品安全国家标准蜂蜜》（GB14963—2011）中规定，蜂蜜中嗜渗酵母计数的最大限量值为200CFU/g。蜂蜜中嗜渗酵母计数超标的原因，可能是蜂蜜在生产加工过程中受到嗜渗酵母等微生物的污染。食用嗜渗酵母计数超标的蜂蜜，可能出现腹泻等不适症状。
