常见且重要的馒头质量问题有：风味欠佳、口感差、馒头萎缩、表面不平整、色泽不好等。
1、馒头风味
馒头的风味应该具有纯正的麦香和发酵香味，香味足，滋味甜，无不良风味。常出现的问题有：香味不足，后味不甜，有不良风味（酸、碱、涩、馊等异味）。添加剂使用不当、污染有味成分、面粉变质、发酵不好、pH值不合适以及产品腐败变质等都有可能导致风味问题。应根据实际情况加以解决。
2、馒头内部结构及口感问题
馒头的口感也是决定质量的最重要指标之一。优质的馒头应为柔软而有筋力，弹性好且不发粘，内部有层次呈均匀的微孔结构。常见的馒头组织结构问题有：发粘无弹性、过硬不虚 、底过硬 、过虚而筋力弹性差、层次差或无层次 、内部空洞不够细腻等 。
影响馒头组织性的因素主要有：加水量、和面程度、面团发酵、揉面操作、醒发程度等，通过调节工艺参数，可以使馒头的口感明显改观
3、馒头萎缩
馒头萎缩是指馒头汽蒸或复蒸时萎缩变黑，象烫面、死面馒头，馒头保温存放时也偶有发生。百姓对该现象无法解释且很奇怪，称之为“鬼捏”，认为不吉利。该现象出现使馒头厂次品增多，而且因消费者复蒸时出现，严重地影响企业的信誉，特别是春节家庭大量存放凉馒头，复蒸时“鬼捏”对消费者心理影响最大。
产生萎缩的根本原因是面筋骨架的支撑力不足所致。当有足够的内部压力和组织强度时，馒头能够保持较大的膨胀度，冷却和降压时，当回缩力大于支撑力时必然萎缩。
防止馒头萎缩应从原料入手，并在工艺上下工夫。和面和揉面都要使面团达到最佳状态，调节面团pH到合适的范围，醒发程度适度，保证蒸制的工艺条件等是解决馒头萎缩的关键。
4、馒头表面不光滑
优质的馒头应为表面光滑，无裂口、无裂纹、无气泡、无明显凹陷和凸疤。表面光滑与否对于商品馒头的销售影响很大。
常见的馒头表面问题有：裂纹、裂口、起泡等。
馒头裂纹多因为醒发湿度太低所致。可调节醒发湿度加以解决。
裂口可能是因为面团水分过低、面团pH过高、揉面不足且布面过多，坯醒发不足等因素所致。
起泡主要是因为面团pH过低、揉面布面过多、醒发时湿度过大、醒发过度、蒸时气压过高等原因造成的。
5、馒头色泽不好
优质馒头表皮应为乳白色，颜色一致、半透明且有光泽、无黄斑、无暗点。内部也应为纯白色，组织结构细腻，色泽均一。
常见的色泽问题有：馒头色泽发暗不白、发黄、有暗斑等。
原料质量和添加剂效果是影响馒头色泽的关键性因素，然而工艺操作也非常重要。和面和揉面不足以及面团过酸都有可能导致色泽发暗。碱性大、沾染有色物质、霉变等都有可能使馒头发黄。有暗斑主要是面团加水少，醒发过度所致，当然，馒头萎缩也会出现暗斑。
有的馒头加工点遇到过这种情况：馒头刚加工出来时很好，但冷却后或者再加热会出现收缩现象，也有的在一屉馒头里，会出现个别的馒头个头小或收缩现象，这是什么原因呢？
要分析这种情况，就要理解馒头加工的原理。馒头加工是利用面粉中的酶和添加酵母，利用外界的水分、温度条件，在面团中产生气体，利用面粉中面筋的弹性和延展性，形成一个个气泡，然后加热定形，固定住馒头的形状。由此我们可以分析出，馒头如果出屉完好，说明起发能力没有问题，在冷却后收缩说明面筋骨架强度出现了问题，也就是面筋质量不佳，既可能是品种的原因，也可能是加工和保存中出现了问题。如果是个别的馒头出现收缩，则更多原因是出现在加工过程中，比如蒸汽压力低时， 就容易在蒸屉内形成冷凝水，水滴到未成熟的馒头上造成局部过热，造成"死面"使馒头个小不起发。
