ISO14000认证同ISO9000认证一样，都是组织的自愿行为，组织如果希望通过环境管理体系认证，就必须依据ISO14001的要求，建立起完整的用文件表述的环境管理体系，通过运行及内部评审，证明这个体系是符合标准要求的、有效的，便可向有资格的第三方认证机构提出申请，双方如能达成协议，认证机构便会派审核员到现场审核，如能通过审核，认证机构便会组织颁布认证证书。
组织通过认证，获得第三方认证机构颁发的证书，这就意味着组织取得了客观证明，它向社会表明本组织兑现环境承诺和对环境因素的控制能力。从而通过第三方认证机构的证实，树立起善待环境的企业形象。在绿色消费之风盛行，绿色贸易壁垒林立的形势下，有了这张"绿色通行证"，对企业是很有意义的，它不仅是提高产品竞争力的有效途径，有时甚至关系到企业的生死存亡。也正因为如此，许多有远见的企业在ISO14000标准还处于草案阶段，他们就根据得到的信息，做好了认证的准备工作，ISO14000标准一发布，他们便抢先通过认证，其发展速度超过了ISO9000认证。这种现象从另一个侧面证明了ISO14000认证的重要性和紧迫性。
ISO14000标准与ISO9000标准的异同（见下表）：
normal style="mso-line-height-alt: .75pt">ISO14000 | normal style="mso-line-height-alt: .75pt">ISO9000 |
环境方针 | 质量方针 |
组织结构和职责 | 职责与权限 |
人员环境培训 | 人员质量培训 |
环境信息交流 | 质量信息交流 |
环境文件控制 | 质量文件控制 |
应急准备和响应 | （部分与消防安全的要求相同） |
不符合、纠正和预防措施 | 不符合、纠正和预防措施 |
环境记录 | 质量记录 |
内部审核 | 内部审核 |
管理评审 | 管理评审 |
再次，两套标准最大的区别在于面向的对象不同，ISO9000标准是对顾客承诺，ISO14000标准是对政府、社会和众多相关方（包括股东、贷款方、保险公司等等）；ISO9000标准缺乏行之有效的外部监督机制，而实施ISO14000标准的同时，就要接受政府、执法当局、社会公众和各相关方的监督。
最后，在体系中，两套标准部分内容和体系的思路上有着质的不同，包括环境因素识别、重要环境因素评价与控制，适用环境法律、法规的识别、获取、遵循状况评价和跟踪最新法规，环境目标指标方案的制定和实施完成，以期达到预防污染、节能降耗、提高资源能源利用率，最终达到环境行为的持续改进的目的。
