1、法律地位与资质
在认证审核时，会对组织身份的合法性进行检查，即证照检查，包括营业执照、生产许可证等。
（1）营业执照
主要检查是否有，是否在有效期内、是否进行了年检、体系认证覆盖产品范围是否在证照限定范围内。
（2）生产许可证
目前国家要求实行生产许可证管理的共32个大类的食品，在审核时，首先会确认体系覆盖产品是否在32个大类。
2、执行标准情况
关于执行标准主要关注两个地方，一是否有标准，二标准是否有效。
食品行业组织应执行的国家强制性标准主要包括以下几类：
（1）产品标准类
主要是原辅材料标准和成品标准，包括产品质量标准、卫生标准和有害物限量标准（有害物限量标准，包括农残限量、兽残限量、污染物限量和霉菌毒素限量等）；
（2）与产品直接接触的包装物标准
（3）标签标准
（4）工厂卫生规范等
对执行企标的企业建议尽量做到以下几点：
（1）建议提取企标文本审查并归入案卷；
（2）审查企标的有效性：是否备案并在有效期内，指标是否符合国家有关标准。
（3）标准更新的识别与使用。
3、原辅料控制的符合性
原料的管控主要关注原料采购有无标准、进货检验/验证的符合性等，是否有无非食品级原料的使用，以及偷梁换柱的情况。
辅料应特别关注的是食品添加剂和食品营养强化剂的使用是否合法，即有无超范围、超量使用的情况。食品添加剂、食品营养强化剂、食品生产用水的使用应分别符合GB2760、GB14880和 GB5749的规定。
4、产品检验的有效性
检验指标应至少覆盖适用的产品质量标准和卫生标准；除企业自检报告外，还会关注到政府主管部门的抽检报告。
5、设备设施与环境的符合性
食品组织的设备、设施和环境应符合适用的工厂卫生规范。对环境有特殊要求的，应符合相应要求，如空气洁净度、温度、照明等。
6、生产过程控制的有效性
除产品形成过程控制外，应特别关注卫生管理，包括场地、设备、人员等的卫生控制，如清洗、消毒、健康、着装等等。
7、产品标签的符合性
产品标签是构成产品的一部分，应符合GB7718（预包装食品）、GB 28050（营养标签）等法规标准的要求。
GB7718规定强制标示内容包括：食品名称，配料清单，配料的定量标示，净含量和沥干物（固形物）含量，制造者、经销者的名称和地址，日期标示和贮藏说明，产品标准号，质量（品质）等级，其他强制标示内容。
需特别关注的是，配料清单和产品标准的标示是否与实际相符。
8、储、运、销过程控制的有效性
这些环节主要控制的是产品防护，避免交叉污染和变质。特别是对有储运温度要求的，是否能满足。
9、应急系统的有效性
应急系统包括发生可能影响产品质量和安全情况时的应急预案（如停水、停电等），发生食品安全事故时的预案，产品召回预案等。
10、食品质量安全事故及处置的适宜性
应特别关注是否发生过，以及如何处置的。
