未来的认证审核工作中，档案信息电子化必然会取代纸质化，推行审核档案电子化是大势所趋，本文从管理体系审核档案电子信息化的两个阶段进行探讨。
1、纸质档案与电子档案同行阶段
纸质档案与电子档案在保存时间上是有共性的，也就是说不管是纸质档案还是电子档案在保存时间上都必须在3年以上。根据《认证机构管理办法》相关规定，保存时间至少应当与认证证书有效期一致。为了保持档案的有机联系，在保管档案的时间规定上，每个机构可根据自己机构的特点规定保存档案的年限，前提是一定要在有效档案的生命周期内。
纸质档案最大的优势就是能体现其真实性和原始性，因为它保存了档案形成前的真实面貌，也就是第一手资料，但其劣势是占用大量空间，且需定制专用档案装具，在归档过程中，需要根据审核档案资料的繁简程度，分别定制不同尺寸的档案装具，这样会给机构带来一些额外费用。此外，还需配备足够的档案人力资源。
而电子档案在管理上的优势和劣势正与纸质档案相反，当然电子档案比纸质档案更具优势，目前大多数认证机构的档案管理标识都是以认证证书号作为惟一性标识，同时按年份进行标注后，更能体现电子档案的优势，比如便于查找、信息存储量大、检索范围广、能异地进行传输利用，大大降低了办公成本。
2、借力信息潮流推行审核档案全程电子化管理
随着办公自动化应用水平的提高，电子式记录逐渐取代手写记录。从现有提交的审核资料来看，多数审核员运用计算机记录代替手工记录方式进行审核，同时也为企业提供电子或纸质的审核报告。更重要的是可以及时调用历次审核信息，以及调用组织的一些重要资料，如企业的资质证书、环评资质，一些特殊行业的特殊资质情况等。
一个项目的管理从初评到最后归档，需要各个部门的配合与合并工作，共同完成一个完整资料的创建工作，最后进入档案管理员的手中。在对现行资料的完整性进行核实及做好惟一性标识后，可对其转化成不可编辑的电子文档形式，并备份，使之永久保存。
从以下模块，可以看出审核资料转化为审核档案的过程。
实施档案电子信息化既能体现认证机构的信息化运用程度，也能发挥认证机构在管理上的优势与效率，这也是提升认证机构整体管理水平的一个重要手段。
需注意的是，管理体系审核档案电子化记录的保存方式，应符合《质量管理体系认证规则》之规定，即以电子文档方式保存记录的，应采用不可编辑的电子文档格式。在电子化档案存储上，以不可更改的形式保存如PDF、JPG或者以加密的形式进行存放，也可以刻盘的形式或者以移动硬盘的形式进行异地备份。
