1进出口食品检验检疫监管体系不够完善
一是监管部门没有对监管给予足够的重视，还是把重心更多的放在了检验上面。重检验轻监管现象突出，批批检验依然盛行。监管做为检验检疫的前序工作，它开展效果的好坏直接影响到其后的检验工作，不可谓不重要。
二是现今监管部门内部之间的协调程度还很低，没有能形成很好的合力，措施也不够科学有效，缺乏针对性。部门之间的衔接存在许多问题，导致部门之间冲突，这就造成监管环节的重叠或空白。各部门之间是横向的关系，各监管部门相对独立，相互间没有隶属或监督关系，这对食品安全监管也不利。涉及部门过多，相关具体标准和法规在制定上也不够协调和系统，以致在部门利益的驱动下，各自理解执行，争权夺利的现象时有发生
。
三是地方政府对进出口食品安全的统一领导协调不力。由于检验检疫属垂直管理部
门，与地方政府、相关部门缺少有效的沟通途径，许多进出口食品安全工作在某种程度上得不到地方政府的足够重视和相关部门的大力支持，导致问题得不到及时解决。
2主动预防食品安全质量事件发生的能力不足
随着食品进出口量的不断扩大和国外要求项目不断增加，检验检疫工作量大幅增加，传统的批批检、项项检模式已不能适应外贸发展的需要，面对这样的困境，这对我国出入境部门预防进出口食品安全的能力是个极大的挑战。在突如其来的食品安全事件发生时由于经验还是有所欠缺而常常处于“被动应付”，对一些食品安全事件发生还难以做到及早发现和消除隐患，国外通报仍常有发生。另一方面，我国出口食品受到农兽药残留、毒素、微生物以及添加剂等影响，出口食品安全问题屡见不鲜，从而导致我国食品的国际声誉受到影响。
3进出口食品企业的质量主体缺失
检验检疫人员承担了一些本属于企业的责任。部分进出口食品企业质量安全意识淡薄，不知标准、不懂标准或不用标准，自检、自控水平不高，对国内外尤其是国外的相关安全卫生标准缺乏了解。同时，内部产品质量控制体系不健全，如没有切实落实产品质量首责，源头问题依然较为突出，产品质量难以保障。部分出口企业甚至通过报甲出乙、擅自更改目的地等手段，将未经检验检疫合格的食品出口，现已成为不合格食品流出国门的重要渠道。更严重的个别企业则唯利是图、社会责任缺失，违例使用国家禁止使用的物品、滥用准许使用的药品、使用非食品添加剂等。这些都没有切实落实产品质量安全主体责任人的责任。
4检验检疫部门现有人员、技术难以满足工作需要
为确保出口产品质量安全，扩大产品出口，在严峻的形势下，检验检疫部门深入种植、养殖源头，实施备案监督管理，检验检疫人员除了要对出口企业加工过程进行监管外，还要对种植、养殖、饲料、药物进行监管，不仅需要大量人力、物力，而且对监管人员的能力也提出了更高要求，实际难以监管到位。而随着食品进出口数量的增加，检验检疫部门工作量大幅增加，将导致人力不足，而未能及早发现食品安全事件，只能是出现问题后被动应付。与此同时，因检验检疫部门往往需要参与源头管理，对加工过程的监管力度有不断弱化迹象，那么在人员、检测技术上已难以满足无限延伸的工作需要。
从另一个角度来看，检验检疫部门是由于承担了过多不必要的职责，才导致检验检疫部门人员、技术难以满足工作需要。特别是在当前我国初级农产品生产整体水平较低，而相关职能部门又没有主动承担起初级农产品生产环节的监管责任，总是在检验检疫部门的推动下开展工作，而为了解决制约当前食品、农产品出口农兽药残留瓶颈问题，检验检疫部门往往存在过多参与源头管理，包揽原料质量安全责任的情况。
5技术法规和标准滞后
建立在科学和风险分析基础上的食品安全标准体系，是实施进出口食品安全管理工作、促进国际食品贸易发展的技术基础和保障。我国的食品质量安全标准由产品质量标准、技术标准和基础标准组成，以法律和管理条例的形式发布的，在促进食品工业的发展
和保护消费者健康方面发挥了巨大作用。但随着社会的发展变化，也暴露出了越来越大的漏洞，表现为： （1） 食品质量标准重叠、混乱，缺乏权威。我国有关食品的标准制定有若干套体系。卫生部门制定卫生标准，质检部门负责制定产品质量标准和所有标准的审批，各行业主管部门也有权制定本行业的标准。生产者是否执行标准，行业主管部门、质量部门、卫生部门往往都要监督。关于食品安全问题，国内的法规有很多出发点不同，标准也不同。（2） 食品质量标准与国际标准接轨不够，许多有关食品安全的标准标龄过长，缺乏科学性和可操作性，在技术内容方面与WTO 有关协定和食品法典委员会（AC） 标准存在较大差距。发达国家采用国际标准已达到80%以上，日本达90%以上，我国的国家标准只有40 %左右等同采用或等效采用了国际标准，食品行业国家标准的采标率只有20 %。近年来，我国出口食品屡屡被退回，其中有技术贸易壁垒的原因，但更深层次的原因还是我国的食品质量安全达不到国际标准。（3） 食品质量安全标准存在许多空白点，不能适应迅速发展的食品产业。在目前我国颁布的两万多项国家标准中，农业方面的标准只占10 %左右。以蔬菜为例，从蔬菜商品标准化和蔬菜流通现代化来讲，凡是进入市场的各种蔬菜都应纳入制定标准的范围，但是，在我国常用的12大类89 种蔬菜中，制定出新鲜蔬菜质量标准的却不足20 种，至于采纳国际标准的更是凤毛麟角。此外，在老百姓特别关注的常用食品质量问题，如肉制品、豆制品、面制品、水产品等方面还存在空白。
