与其他认证制度相比，食品农产品认证的特点主要体现在以下几点： 1．从监管涉及范围和数量来看，食品农产品认证种类多，数量大，涉及领域广。目前食品农产品认证制度数量达到10 种，认证证书数量也超过了7 万张，涉及领域涵盖了生产、加工、流通、外贸等领域。食品农产品认证企业分布分散，多位于郊区、边远地区，交通不便。
2．从食品农产品认证发挥的作用来看，能为食品安全保障、环境保护、三农问题的解决提供有力支持，在这些工作中也发挥了重要作用。
3. 从国家重视情况看，党中央国务院对食品农产品认证发展非常重视，十七届三中全会报告中专门提出要支持发展有机农业，近年国务院1 号文件中也多次提到了要大力发展无公害、绿色、有机、GAP 等认证；国务院各个部门对食品农产品认证发展非常重视，从不同角度提出了促进促进发展的措施，列入了本部门的发展规划、十一五、十二五规划等。
4. 从监管难度来看，地方两局普遍缺乏专业技术人员，同时监管活动还涉及工商、农业等部门，需要沟通、协调的事务很多。食品农产品的流动性也为监管带来了困难，产品的销售地与产地往往跨度很大，还有一些企业的基地分布在不同的地区和省份。
5. 从所负责任来看，《食品安全法》第75 条规定：“调查食品安全事故，除了查明事故单位的责任，还应当查明负有监督管理和认证职责的监督管理部门、认证机构的工作人员失职、渎职情况”，对有效实施食品认证有效性监管提出了更为严格和明确的要求。
