食品农产品认证监管主要分为以下几个过程。1．确定任务来源和监管范围。省级质检部门根据总局和认监委的总体部署和安排，认真研究分析影响本地区认证市场秩序的全局性、普遍性问题，科学、合理地制定获证企业的巡查监管计划、认证活动行政监督计划，适时组织开展有针对性的监督检查。省级质检部门可结合产品质量监督抽查工作中国抽、省抽、定期监督检验等信息，确定本市认证有效性检查企业名单。
2．制定检查工作方案。作方案应明确时间、任务和人员，做好技术人员配备，落实执法监管责任，必要时制订检查表以便开展现场检查。
3．组织实施检查。监管人员按照规定内容对企业进行检查，并做好记录并搜集保存相关资料和证据。
4．后续处理。对企业和认证机构的违法违规问题，在证据充分的基础上，按照有关法律法规实施行政处罚。对企业、认证咨询机构和认证机构的财产罚，由当地局实施，对认证机构和异地认证咨询机构的资格罚，由省级质检部门上报国家认监委实施或移交至所在辖区省级质检部门实施。属获证企业或者产品有违法违规行为的，要依法进行处理，并通报认证机构，强化证后监督，问题严重的，认证机构要撤销、暂停认证证书。达不到行政处罚的违规行为，可向相关认证机构或企业发出整改通知书，要求在规定期限内采取纠正措施、提交纠正措施证实文件及对问题的说明。
在实施行政处罚时，各出入境检验检疫机构应严格遵守国家质检总局2006年1 月28 日颁布的《出入境检验检疫行政处罚程序规定》（质检总局2006 年第85 号令）；各级质量技术监督部门应严格遵守原国家质量技术监督局颁发的《技术监督行政案件办理程序的规定》（1996 年9 月18 日原国家质量技术监督局令第46 号修正发布）、《技术监督行政案件审理工作规则》（1996 年9 月18 日原国家质量技术监督局令第48 号）、《技术监督行政案件听证工作规则》（1996 年9月18 日原国家质量技术监督局令第49 号）等国家质检总局有关行政处罚程序的规定。
