零缺陷理论是质量管理体系。而ISO9000体系并不是严格意义上的质量管理，虽然ISO9000：2000正在向这个方向靠近。ISO9000更侧重于质量保证。以开车为例，零缺陷教会我们怎样去开车，而ISO9000体系则给我们提供一整套的操作手册。即使您拥有操作手册并把它背的滚瓜烂熟，也不见得您就可以开好车。ISO9000强调以程序化被动的要求别人怎么做；而零缺陷理论更注重从改变员工心智入手，使员工主动要求自己能做好。
正是由于零缺陷体系比ISO9000体系有这些优点，所以零缺陷已被越来越广泛的企业所接纳。但ISO9000作为一个第三方认证的标准，又使得各企业为了竞争的需要同时也要进行ISO9000体系的认证。这就存在另一个问题：在一个企业里同时运作两套体系会不会有冲突？会不会有大量重复工作？会不会一套体系仅仅作为另一套体系的附属品？
对这个问题完全不必担心，正如ISO9000体系与ISO14000体系可以整合为一套体系一样，ISO9000体系同样可以与零缺陷体系整合为一套体系。因为二者的管理思路是相通的，在整合中，对于一些实务性要求，如零缺陷有要求而ISO9000体系中没有要求的，我们可以在ISO9000体系中加上相关的要求，如科学衡量。对于一些比较务虚的要求，比如一次做对，可以在ISO9000体系的培训中作出更高标准的相关规定，并切实下大力气做好相关的培训，再辅之以纠正预防及科学衡量，在员工内心中强化一次做对的观念，改变员工的心态，使员工从“要我做”的观念变为“我要做”的观念。所以说二个体系可以最终合并为一个体系，以下的方法可供参考。
1．神与形合：
如果将ISO9000体系比喻为一个人的形体的话，那么零缺陷理论就是一个人的精神了。将零缺陷理念的精髓与ISO9000体系的一整套实际方法结合起来，切实做到明确相关的要求，变主观标准为客观标准并且做好预防工作，各取所长，事半功倍。
2．组织整合：
ISO9000体系与零缺陷管理体系最终要合为一个体系，不提倡两套体系并行，当然在引进之初尚不完善之时可能有一段时间两套体系并行，但实行一段时间后，就应适时将两套体系整合为一，否则可能出现两张皮的情况，不仅管理繁复低效，并且易造成管理成本的浪费。
3．标准整合：
ISO9000体系更接近主观标准，而零缺陷理论提倡客观标准。显然，客观标准更适合于现代品质管理要求。所以，两套体系整合时应以客观标准为主。
4．体系整合：
零缺陷更注重改变心智，从内因改善；而ISO9000体系注重以一整套规范的过程来管理公司的动作，所以它主要是一种外在压力下被动的改善，但它的一整套规范确实适用于几乎所有公司。整合时可以用ISO9000体系为整体的骨架，但同时注重零缺陷的理念，使员工由“要我做好”变为“我要做好”。
5．程序整合：
在程序上，二者都很注重过程的方法，以及按输入、过程、输出的思路来思考问题，所以二者在这方面较易整合，整合时注意贯彻预防为主的方针以及做好必要的衡量。
6．行动整合：
ISO9000体系要求说、写、做一致，零缺陷体系也同样定期检查以保证说到的都已做到。但零缺陷体更注重从员工内心来改善，并且不仅在计划到期时追踪，并且在计划尚未完成时会定期检查完成情况，从而最大程度的避免了因计划的不落实给公司造成的损失。
说到底，ISO9000与零缺陷活动并不矛盾，二者相辅相成，但零缺陷更全面，更有效，如果您完全依照零缺陷要求管理公司，那您
的公司一定可以通过ISO9000的认证，但即使您通过了ISO9000的认证，要想做好零缺陷，您还需要继续努力，尤其是在改变心智方面、一次做对及科学衡量方面做好。
总之：取得ISO9000认证是不够的，只有在强调并确实执行零缺陷四个基本原则教育的基础上，ISO9000：2000才能成为真正有用的体系。质量管理是一门系统的科学，虽然前前后后出现过多种管理方法，但并不是各种方法互不相容。每种方法在它特定的历史时期都有它特定的合理性（虽然可能被淘汰）。所以在做质量管理时，不应因为采纳了一种方法，而对别的方法妄自菲薄。而应该以更适合自己公司的方法为基准，并采纳其他各种方法的长处，取长补短，兼收并蓄，形成自己独特的企业品质管理文化。
