都属体系审核的范畴
都要遵循质量和环境审核指南的要求
都可以将有关法律、法规、标准作为审核准则
都由独立于受审核方之外的审核员进行
都用来确定体系的符合性和有效性
整个审核的组织安排大体相当
第二方审核有理由将特定的要求向供方提出
审核员在不同审核中扮演角色不同
在审核目的、重点、依据的先后次序上，提建议的能力大小上，对受审核方的影响力、审核时间上存在着一定差别，见表：
| 审核方式 | 第一方审核 | 第二方审核 | 第三方审核 |
| 审核目的 | 改进自身HACCP体系，提高自身安全控制水平 | 决定是否批准签订购货合同 | 决定是否批准对某一组织的认证注册 |
| 审核内容 | GMP、SSOP、HACCP计划和记录 | GMP、SSOP、HACCP计划和记录 | GMP、SSOP、HACCP计划和记录 |
| 审核重点 | 发现问题，采取纠正措施 | 寻找与审核依据相符合的客观证据 | 寻找与审核依据相符合的客观证据 |
| 审核依据次序 | 1HACCP体系文件 2法律法规 3顾客合同 | 1顾客合同 2相关标准 3法律法规 4 HACCP体系文件 | 1通用标准 2法律法规 3 HACCP体系文件 4 顾客合同 |
| 提建议能力 | 很大（永远有提建议的权利） | 取决与顾客方针和合同的大小 | 不提 |
| 影响力 | 表面上很小，实际上很大 | 取决与合同的大小及顾客的管理水平 | 表面上很大，实际上很小 |
| 审核时间 | 自己掌握，较充足 | 事先约定 | 按照有关规定执行，通常只有几天 |
| 审核范围 | 可以灵活掌握 | 按合同约定 | 审核组长与受审核方共同约定 |
