绿色食品开发管理体系由四个基本部分组成：严密的质量标准体系、全程质量控制措施、网络化的组织系统、规范化的管理方式。
(一)严密的质量标准体系。绿色食品产地环境质量标准、生产技术标准、产品标准、产品包装标准和储藏、运输标准构成了绿色食品一个完整的质量标准体系。
绿色食品产地环境质量标准要求绿色食品初级产品和加工产品主要原料的产地，其生长区域内没有工业企业的直接污染，水域上游和上风口没有污染源对该地区域直接构成污染威胁，从而使产地区域内大气、土壤、水体等生态因子符合绿色食品产地生态环境质量标准，并有一套保证措施，确保该区域在今后的生产过程中环境质量不下降。
绿色食品生产技术标准指绿色食品种植、养殖和食品加工各个环节必须遵循的技术规范。该标准的核心内容是：在总结各地作物种植、畜禽饲养、水产养殖和食品加工等生产技术和经验的基础上，按照绿色食品生产资料使用准则要求，指导绿色食品生产者进行生产和加工活动。
绿色食品最终产品必须由定点的食品监测机构依据绿色食品产品标准检测合格。绿色食品产品标准是以国家标准为基础，参照国际标准和国外先进技术制定的，其突出特点是产品的卫生指标高于国家现行标准。
绿色食品产品包装标准规定了产品包装必须遵循的原则、包装材料的选择、包装标识内容等要求，目的是防止产品遭受污染，资源过度浪费，并促进产品销售，保护广大消费者的利益，同时有利于树立绿色食品产品整体形象。
(二)全程质量控制措施。绿色食品生产实施"从土地到餐桌"全程质量控制，以保证产品的整体质量。在绿色食品开发过程中，生产前由定点环境检测机构对绿色食品产地环境质量进行监测和评价，以保证生产地域没有遭受污染；生产过程中，由委托管理机构派检查员检查生产者是否按照绿色食品生产技术标准进行生产，检查生产企业的生产资料购买、使用情况，以证明生产行为对产品质量和产地环境质量是有益的；产后由定点产品监测机构对最终产品进行监测，确保最终产品质量。
(三)科学、规范的管理手段。中国绿色食品实行统一、规范的标志管理，即通过对合乎特定标准的产品发放特定的标志，用以证明产品的特定身份以及与一般同类产品的区别。从形式上看，绿色食品标志管理是一种质量认证行为，但绿色食品标志是在国家工商行政管理局注册的一个商标，受《中华人民共和国商标法》严格保护，在具体运作上完全按商标性质处理。因此，绿色食品在认定的过程中是质量认证行为，在认定后是商标管理行为，也就是说，绿色食品标志管理实现了质量认证和商标管理的结合。实现这个结合既使绿色食品的认定具备产品质量认证的严格性和权威性，又具备商标使用的法律地位。实施绿色食品标志管理不仅可以有效地规范企业的生产和流通行为，而且有利于保护广大消费者的权益；不仅可以有效地促进企业争创名牌，开拓市场，而且有利于绿色食品产业化发展。从另一个角度来看，绿色食品标志的商标注册和规范使用，使绿色食品具有了可识别性。其经济学意义在于：一方面，可识别性使绿色食品再生产过程的内在价值得以体现；另一方面，可识别性使绿色食品再生产过程的内在特征外在化，从而为绿色食品逐步发展成为相对独立的产业创造了条件。
(四)高效的组织网络系统。为了将分散的农户和企业组织发动起采进入绿色食品的管理和开发序列，中国绿色食品发展中心构建了三个组织管理系统，并形成了高效的网络：一是在全国各地委托了分支管理机构，协助和配合中国绿色食品发展中心开展绿色食品宣传、发动、指导、管理、服务工作；二是委托全国各地有省级计量认证资格的环境监测机构负责绿色食品产地环境监测与评价；三是委托区域性的食品质量监测机构负责绿色食品产品质量监测。绿色食品组织网络建设采取委托授权的方式，并使管理系统与监测系统分离，这样不仅保证了绿色食品监督工作的公正性，而且也增加了整个绿色食品开发管理体系的科学性。
