台湾地区的食品安全监管主要由行政院农业委员会、卫生福利部食品药物管理署以及经济部标准检验局三个部门负责。根据食品生产加工供应链的各个环节，行政院农业委员会负责食品和农产品原材料的生产环节，卫生福利部食品药物管理署负责食品的市场流通环节，同时负责对市场中销售的食品进行抽检，2011年以前，经济部标准检验局负责食品的进出境管制环节，2011年后划归卫生福利部负责。其次还有财政部国库署（烟酒管理）、台湾优良食品发展协会和台湾区乳品工业同业公会等协助食品安全卫生监督。
“行政院农业委员会”（简称农委会）负责食品和农产品原材料的监管，但原料生产所涉及的环境标准的制定、发布则为“环境保护局”的职权。与农委会相关的法律法规、标准规范包括：《优良农产品验证管理办法》、《农产品标章管理办法》、《农产品生产及验证管理法》、《农产品生产及验证管理法施行细则》、《有机农产品验证机构认证作业要点》、《有机农产品及有机农产加工品验证管理办法》、《有机农产品及有机农产加工品检查及抽样检验结果处置作业要点》、《进口有机农产品及有机农产加工品管理办法》、《核发进口畜产品及畜产加工品有机标示同意文件审查作业要点》、《核发进口畜产品及畜产加工品有机标示同意文件审查作业要点》、《核发进口水产品及水产加工品有机标示同意文件审查作业要点》等。
“行政院卫生署”于2013年7月23日改制为“卫生福利部”，包括6个三级机关：国民健康署、疾病管制署、食品药物管理署、中央健康保险署、社会及家庭署及国家中医药研究所，旨在打造以人为中心的卫生福利网。其中，“卫生福利部食品药物管理署”负责食品市场流通的监管，同时负责对市场中销售的食品进行抽检，以及食品的进出口监管。与之相关的法律法规、标准规范包括：《一般食品卫生标准》、《输入食品查验办法》（2010年12月30日修正为《输入食品及相关产品查验办法》）、《动物用药残留标准》、《重金属检验方法总则》、《食品卫生委托检验办法》、《农药残留安全容许量标准》、《食品添加物使用范围及限量暨规格标准》、《市售包装食品营养标示规范》、《健康食品申请许可办法》、《健康食品管理法》、《健康食品查验委托办法》、《健康食品安全性评估方法》等。
标准检验局（BSMI）是依据经济部组织法成立的台湾最高商品检验机构，负责商品的标准、检验与计量，依据《商品检验法》受理输出食品厂商的委托检验。2011年以前，经济部标准检验局负责食品的进出口管制环节，2011年后划归卫生福利部负责。与之相关的法律法规、标准规范包括：《食品卫生管理法》及其“施行细则”、《商品检验法》及其“施行细则”、《标准法》及其“施行细则”、《输入食品查验作业要点》、《商品检验不合格处理办法》、《深层海水自愿性产品验证实施办法》、《外销食品及饲料厂场危害分析重要管制点管理系统验证基准》、《定量包装商品管理办法》等。
“财政部国库署”为财政部直属机关，下设库务管理组、支付管理组、债务管理组、财务规划组、公股管理组和烟酒管理组等6组，在国家施政推动上扮演重要角色。其中烟酒管理组负责台湾地区的酒类管理，相关法规标准有《进口酒类查验管理作业要点》、《酒产制工厂设厂标准》、《酒制造业良好卫生标准》、《进口酒类查验管理办法》(自2016年1月1日施行)、《酒类卫生标准》和《酒品标示产制批号之执行作业规范》等。
“台湾优良食品发展协会”始于1994年5月6日成立的台湾食品GMP发展协会。1996年6月，食品GMP融合ISO及HACCP等国际食品卫生安全系统的特点，建构更完善的质量保证系统；2006年，HACCP条文正式纳入食品GMP通则中，强化系统要求，追求更高的产品卫生安全与质量标准；2015年4月，“台湾食品GMP协会”更名为“台湾优良食品发展协会”。该协会主要提供以下服务：
一、食品卫生安全管理法规与标示咨询
二、TQF验证规章及ICT平台在线登载
三、食品产业登录及查验登记咨询
四、消费者食品安全咨询
五、优良食品认验证制度推广宣传
六、食品产业自主管理与国际接轨推广
台湾还根据食品产品分类成立了一些专门的行业公会，公会成员由相关的食品企业组成，如台湾区乳品工业同业公会、台湾区饮料工业同业公会和台湾区罐头食品工业同业公会等。各公会网站对相关产品的法令规章进行了汇总，便于食品企业查阅参考。
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