细胞培养是指将细胞从动物或植物体内取出，然后在适宜的人工环境中生长的过程。细胞可以在培养前直接从组织中取出并通过酶或机械方法进行解离，也可以来源于已建立的细胞系或细胞株。细胞常规培养是在细胞房中进行，在超净工作台或生物安全柜中，把细胞处理好，根据需要加入细胞培养基，放入细胞培养瓶/皿或细胞培养板中，再放到带有5% CO2 的37℃恒温培养箱中培养。
细胞培养过程中如果操作不当或者条件控制不合适容易受到化学或者生物因素的污染。凡混入细胞培养环境中对细胞生存有害的成分和造成细胞不纯的异物都应视为污染，细胞污染不能全被消除，但能减少其发生的频率和后果的严重性。细胞污染根据污染源主要可以分为化学性，物理性和生物性污染。
微生物污染
由于体外培养的细胞自身没有抵抗污染的能力，而在培养基中加抗生素的抗污染能力也是有限的，因而细胞微生物污染一旦发生往往是无法挽救的。一般在细胞受到污染早期或污染较轻时，能及时处理并除去污染物，部分细胞还有可能得到挽救。
不同的微生物污染物对细胞的影响也有差别，微生物中支原体和病毒对细胞形态和技能的影响是长期的，缓慢的和潜在的。而霉菌和细菌增殖迅速，能在很短的时间内抑制细胞生长或产生有毒物质杀灭细胞。
1、霉菌污染
种类很多，污染的多是曲霉菌，白色念珠菌，酵母菌，黑霉菌，孢子菌等。霉菌污染后多数在培养液中形成淡黄色或是白色的漂浮物，一般肉眼可见，较易被发现，短期内培养液多不变混浊。倒置显微镜下可以看见细胞之间有纵横交错穿行的丝状，树枝状或管状菌丝，并漂浮在培养液中。很多菌丝在高倍镜下可以看见链状排列的菌株。念珠菌及酵母菌菌株呈卵圆形，散在细胞上及细胞周边生长。
处理：确认是霉菌污染，如果细胞种类不是特别珍贵，直接放弃，并将实验环节消毒。
2、细菌污染
细菌污染较常见的有大肠杆菌，白色葡萄球菌，假单孢菌等。加用抗菌素的培养液可预防和排除个别一般少量细菌的污染。一旦发生细菌污染很容易发现，多数情况下培养液短时间内变黄，表明有大量酸性物质产生，出现明显浑浊现象；有时静置的培养液起初不混，但稍加震荡，就有许多混浊物漂起。倒置显微镜下观察，可见培养液中有大量圆球状颗粒物漂浮，有时在细胞表面及周围有大量细菌存在，细胞停止生长并有中毒表现。必要时可取少量培养液涂片染色检查以明确细菌种类；有的培养液改变不明显而有疑似污染，亦可向肉汤培养基内陆入少量培养液，37℃培养以检测。
处理：一般用抗生素的常用量的5~10倍作冲击疗法，用药24~48小时后再换常规培养液，有时在早期污染时此法有效。细胞培养中用抗生素多为预防细菌污染，一半多联合应用。一旦发生污染后再使用抗生素常常难以除掉，有的抗生素只有抑菌作用而无杀菌效应。
3、支原体污染
支原体是一种大小介于细菌和病毒之间(最小直径0.2um)并独立生活的微生物.约有1%可通过滤菌器。支原体无细胞壁形态呈高度多形性.可为圆形、丝状或梨形。
支原体形态多变，在光境下不易看清内部结构。多数支原体适合于偏碱条件下生存(PH7.6-8.0)，对酸耐受性差。对热比较敏感，对一般抗生素不敏感。
支原体污染细胞后.培养液可不发生混浊.多数情况下细胞病理变化轻微或不显著，细微变化也可由于传代、换液而缓解.因此易被忽视。但个别严重者，可致细胞增殖缓慢.甚至从培养器皿脱落。为确定有无支原体污染可做如下检测：
a:相差显微境检测；b:荧光染色法；c:电镜检查；d:DNA分子条文检查或支原体培养等方法。处理：市场上有多种支原体清除试剂盒，效果比较好。
4、酵母污染
酵母到处存在，并能在合适的环境中快速生长。酵母污染很容易观察到，培养物变浑浊，尤其在后期。一般PH值变化很小，严重时，PH值升高。显微镜下呈卵圆形或球形颗粒，有些会芽生较小颗粒。
5、病毒污染
组织细胞培养过程中，如果没有除去潜在的病毒，就会产生病毒污染。目前，从原代猴肾细胞的培养中已发现不少于20种血清性病毒。
尽管病毒污染的细胞不影响原代培养，但生产疫苗是不安全的。因此，潜在病毒是细胞大量生产和疫苗、干扰素等生物制品制作中的难题。
6、细胞交叉污染
细胞污染和细菌污染不同，细胞污染是由于在培养过程中各种细胞同时进行，而所用器具或液体混杂使用所致。这种污染没有微生物存在，但使培养细胞不同种类之间发生混乱，细胞生长特性，形态发生变化。有些变化轻微，不易察觉，有些则可能由于污染的细胞具有生长优势而最终压过原来细胞而导致细胞生长的抑制，最终死亡。污染过的细胞由于种类不纯，无法进行实验研究。
