1.安瓿管准备
安瓿管材料以中性玻璃为宜。清洗安部管时，先用2%盐酸浸泡过夜，自来水冲洗干净后，用蒸馏水浸泡至pH中性，干后、贴上标签，标上菌号及时间，加入脱脂棉塞后，121℃下高压灭菌15-20分钟，备用。
2.保护剂的选择和准备
保护剂种类要根据微生物类别选择。配制保护剂时，应注意其浓度及 pH值，以及灭菌方法。如血清，可用过滤灭菌;牛奶要先脱脂，用离心方法去除上层油脂，一般在100℃间歇煮沸2-3次，每次10-30分钟，备用。
3.冻干样品的准备
在最适宜的培养条件下将菌种培养至静止期或成熟期，进行纯度检查后，与保护剂混合均匀，分装。微生物培养物浓度以细胞或孢子不少于 108-1010个ml为宜(以大肠杆菌为例，为了取得每毫升1010个活细胞菌液2毫升-2.5毫升，只需10毫升琼脂斜面两支)。
4.预冻
般预冻2小时以上，温度达到-20℃到-35℃左右。
5.冷冻干燥
采用冷冻干燥机进行冷冻干燥。
将冷冻后的样品安部管置于冷冻干燥机的干燥箱内，开始冷冻干燥，时间一般为8-20小时。
