1.适用多种培养皿：适用于传统的平板接种法、螺旋接种法等，培养皿直径：标准的90mm和55mm。
光源：长寿命的LED光源。光源组合：4种组合形式的光源和背景颜色。可选智能遥控多色光源背景，使计数不同种类及颜色的培养基更加精准。
在成像方面，传统的人工菌落计数仪采用放大镜，放大倍数可达3至6倍。而全自动菌落计数器具有拍照功能，CCD的规格越来越高。现在销售的HCC-90A型号像素为500万，菌落分辨率：<0.1mm，图像清晰度大大提高。
图像处理功能，配套的软件具有背景处理、颜色标记、干扰校正、菌落放大、面积计算等功能，这些都是传统的菌落计数器所没有的。
在数据库的处理方面，较传统的菌落计数器，增加了数据存储，智能查询，数据导出等，有的还可以设置操作者使用权限，数据修改权限设置等，使测量的数据更加安全。同时，还可以在线编辑，报表打印。
