在食品工业中，噬菌体被认为是食品发酵中的麻烦因素，敏感宿主遇到裂解噬菌体可能会导致发酵停滞或延迟，从而导致产品质量低劣，它们是发酵剂培养失败的重要原因，还会引发重大经济损失。此外，从进化的角度来看，噬菌体通过毒力基因的转导促进了许多细菌的致病性。因此，持续的噬菌体监测和严格应用适当的控制措施是必不可少的，应该采取系统的噬菌体分析和关键控制点。
由于食品发酵过程的性质是在非无菌条件下大规模进行的，并且通常依赖于连续批次中的相同细菌培养物，因此有毒噬菌体可能导致发酵失败也就不足为奇了。
食品、化学、制药、饲料和农药行业都存在由于噬菌体污染而产生的问题。
噬菌体可以有多种来源。重要的是要了解噬菌体的潜在来源，以限制其进入生产设施，因为噬菌体会对发酵过程有害。
食品发酵过程中污染源包括：
原料：任何进入发酵设施的原料都有可能含有噬菌体。噬菌体可以在大多数发酵过程中进行生长繁殖，建议对原料进行彻底的消杀工作，减少初始噬菌体负载。
加工过程：由于噬菌体颗粒可以长时间保留在空气中，生物气溶胶是病毒粒子重要的传播途径之一。
人员移动、设备、原材料的运输可能导致噬菌体颗粒以气溶胶形式分散。如果污染区和未污染区之间的扩散不受限制，这种雾化的后果会更严重。此外，回收副产品中存在的噬菌体也可能扩散到整个工厂环境，因为生物气溶胶可以长时间保留在空气中。如果不采取彻底有效的消毒杀菌措施，噬菌体仍然存在并在后续的生产过程中引起一系列问题。
发酵剂：噬菌体的一种已知来源是发酵剂培养物本身，像中一些用作发酵剂培养物使用的一部分菌株中可能存在噬菌体，并对发酵过程产生负面影响，并且噬菌体有可能在发酵过程中进行重组和释放形成具有新特性的新毒力噬菌体。
空气/表面：加工车间每天都在进行生产加工，不可避免地会导致液体飞溅和噬菌体雾化，这些细菌病毒也可以通过受污染的液体表面周围空气置换而雾化，并被输送到车间的各个角落。
生产车间要具备良好的通风系统和清洁消毒措施及员工培训，以避免原始或处理产品的污染及噬菌体的传播。
选择消毒剂时应考虑几个因素，包括快速抗菌活性、易于使用、对终产品没有负面影响以及降解为无害的终化合物等。
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7、常温灭菌方式，非高温高压；
8、不改变产品本身质量、口味和颜色；
9、提高发酵成功率。
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