发酵企业一般当发酵产量下降时，怀疑噬菌体污染问题。证明细菌：将发酵液拿来做菌株纯化，看看有没有杂菌落，若有可疑菌落，进一步镜检因此可以得证杂菌污染。否则怀疑噬菌体污染。
噬菌体污染:一般如果为烈性噬菌体污染很好判断(发酵液不能增菌) 但污染了温和噬菌体就很难处理。
证明：拿已知的原始菌株(无噬菌体感染的)作为寄主做平板涂布，将发酵液直接点植在平板上，并做好位置。记号，培养观察，在点植处若出现半透明噬菌斑，那肯定是温和噬菌体污染了。
噬菌体污染往往是先从发酵罐开始的，然后才波及到种子罐。如果细心观察可以发现，当你的发酵罐不正常的时候往往种子罐的种子在镜检时也有异常菌体出现。
通气发酵，空气过滤器对噬菌体的截留能力不一定很好。一般噬菌体要比空气过滤器的孔径还小的多，能够完全进入到发酵罐中。一般发酵罐的通气量要比种子罐大，所以也会导致发酵罐比种子罐提前表现出来。
噬菌体防治是个很头疼的问题，涉及到菌种、空气、环境、设备等等。积极的方法是选育抗噬菌株。但在平时要做好环境的消毒工作。消毒重点在于发酵罐，管路，及空间。
处理大肠杆菌被噬菌体污染的方法主要有以下几种：
1.隔离：首先要隔离被污染的罐，避免其对其他罐的影响。对于已经被污染的培养基，也要进行隔离，避免其污染其他培养基。
2.使用消毒剂：可以将消毒剂添加到罐中进行消毒。消毒剂的选择应根据实际情况进行，例如可以选择含氯消毒剂或过氧化氢消毒剂等。但消毒剂对细胞生长也会产生一定的影响，因此需要控制消毒剂的浓度和作用时间。
3.更换培养基：对于大肠杆菌被噬菌体污染的培养基，可以考虑更换新的培养基进行培养，以避免噬菌体的再次感染。
4.清洗发酵罐：对于发酵罐的表面，可以使用消毒剂进行清洗消毒，以避免噬菌体在表面存活和传播。
要尽可能避免实验室或工业生产中的微生物污染，保证生产和实验的顺利进行，定期检查并制定合理的消毒和清洗方案是必要的。
针对噬菌体污染问题，润联基于国内多家客户的实际情况，汇同的微生物控制学专家，打造了一套高效、环保、可监控、系统化的控制方案。为发酵类生产企业、生物制药企业、科研场所，提供精准的噬菌体污染解决方案。
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