发酵罐的应用涉及到其细菌的复杂控制，控制其他细菌在发酵过程的影响。如果发酵过程污染细菌，会严重影响发酵过程，导致发酵过程的产量下降，更严重的可能会导致整个发酵过程的失败，发酵产品不能满足的需求，整个发酵过程的失败。因此我们要注意采取灭菌操作。由于工业操作的特点，发酵罐灭菌传统普遍采用湿热灭菌法。
然而，发酵罐采用湿热灭菌法，也存在一些弊端，因为影响湿热灭菌的主要因素有：微生物的种类与数量、蒸汽的性质、产品性质和灭菌时间等。例如采用流通蒸气灭菌法：是指在常压条件下，采用100摄氏度流通蒸气加热杀灭微生物的方法，灭菌时间通常为30-60分钟。该法适用于消毒以及不耐高热制剂的灭菌，但不能保证杀灭所有芽孢，是非可靠的灭菌方法。
所以说，发酵罐灭菌，对芽孢的杀灭是一个难点。芽孢本身的特质是：含水率接近40% ，较低的水分是其能够抵御外界不良因素的主要原因，其次具有多糖类构成的致密孢子壁，是抵御不良物质的屏障，在萌发后会变成细胞壁芽孢在化学成分上也与其营养细胞有差异，尤其是芽孢中含有营养细胞所没有的DPA-Ca(吡啶二羧酸钙)，该物质会使芽孢中的生命大分子物质形成稳定而耐热性强的凝胶，其耐热性随着DPA-Ca的消失而消失，被认为是芽孢耐热的主要根源。
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