不同的食品工厂由于产品种类不同，故污染的霉菌种类也有所差异。共同的污染源可能来自于水、通风良否、操作人员与食品原料。
1）高湿度和水汽引起的霉菌污染
高湿度场所的霉菌污染，湿度高于85-90%的环境，霉菌会生长很快。食品加工过程中常产生大量水汽，易造成墙壁潮湿及冷凝水形成的情况。木质及混凝土结构的建材也会附着霉菌，故食品工厂内，宜少用木质的物体。
2）空气流动传播的霉菌污染
霉菌通过空气流动传播，生产车间空气净化效果不理想导致外界霉菌入侵。在建筑物的构造中，应保持通风才不易产生霉菌。在一些通风不良的地方，由于原料附着以及使用易吸湿的混凝土、木材及纤维等材质时，一旦有霉菌生长时，霉菌孢子会四散飞扬，其蔓延速度非常快速，直接或间接的污染成品、输送带、机械与操作人员手指等处。当工厂旁为果园，果实成熟开始腐烂长霉时，空气中的霉菌也特别多，此时也易造成工厂内空气的污染。 在湿度高及通风不良的场所，可看见枝孢霉、交链孢霉等霉菌生长。
3）水环境中的霉菌污染
一些水槽、水桶、水管、自来水的水、自来水管、地板与底板等处, 由于长期贮水, 所以污染情形特别常见。如，车间地面、明沟、气帽有积水潮湿;冷凝水的管路、墙壁、天花板、空调口等;生产过程产生的液体废弃物未及时清理出车间;离墙离地近的设备表面、潮湿墙面、冷风机容易产生冷凝水滋生霉菌。
4）人员、物料不洁的霉菌污染
操作人员和物料也是霉菌的污染源。包材的污染，如瓦楞纸箱，包装或罐装食品的包装袋、包装瓶、瓶盖等生产过程防护不当造成的霉菌污染，进入车间的人员手部消毒不彻底、不洁净衣物、物料不洁净带入霉菌。
5）食品原料的霉菌污染
食品原料中一些壳粉原料、畜肉、糖质原料、蔬菜与水果等所含的霉菌，在工厂内的加工过程中四处飞散，往往造成工厂内的霉菌污染。在肉品加工厂内的瓷砖上污染的霉菌，主要为PhomaAureobasidium(为空气中的霉菌) 。在面包制造厂的搅拌机的外壁上，可发现黑色斑点状的霉菌，此类霉菌为壳粉原料中的主要霉菌———曲霉。
霉菌污染的防治措施：
1）温湿度控制
控制车间的温度和湿度，温度在24度以下，湿度在55%以下，因为过高的温湿度会促进霉菌的生长。必要时应装设有效的换气设施,班中每2小时用风机及时将含有大量水分的空气排出车间， 以防止室内温度过高、蒸汽凝结或异味等发生。
2）化学处理
消毒剂喷雾消毒是制造食品时防止霉菌与细菌污染常用的方法，每天班前、班后对车间内部墙壁、风机、下水道、案面、手部、围裙套袖、墙壁、下水道实施消毒剂喷洒，杀灭霉菌。 对于制造环境的天花板、壁面与地板等，为防止霉菌污染，应采用防腐蚀、抗霉菌与防止结露的施工及材料。
3）紫外线照射或臭氧处理
人员的工作服、更衣室等，必须保持卫生清洁，定期清洗和进行紫外线或臭氧杀菌30分钟以上，防止人为造成霉菌的交叉污染(不可在有人情况下杀菌)。紫外线对霉菌孢子的杀菌效果有，可适当配合无残留的高效消毒剂喷雾等方法进行处理。
4）洁净室
在食品工厂内的加热后放冷至包装阶段，为需防止外部浮游菌侵入和落菌的污染，设置洁净室，利用空气导入设施，将可达到空气洁净化，减少污染的目的。亦可采用动态在线干雾喷淋消毒装置，防止洁净室污染。
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