实验室结束后需要对实验室环境进行清洁，消除可能的核酸污染。
①实验室空气清洁。实验室每次检测完毕后，可采用房间固定和/或可移动紫外灯进行紫外照射2小时以上。必要时可采用核酸清除剂等试剂清除实验室残留核酸。
②工作台面清洁。每天实验后，使用0.2%含氯消毒剂或75%酒精进行台面、地面清洁。
③生物安全柜消毒。实验使用后的耗材废弃物放入医疗废物垃圾袋中，包扎后使用0.2%含有效氯消毒液或75%酒精喷洒消毒其外表面。手消毒后将垃圾袋带出生物安全柜放入实验室废弃物转运袋中。试管架、实验台面、移液器等使用75%酒精进行擦拭。随后关闭生物安全柜，紫外灯照射30分钟。
④转运容器消毒。转运及存放标本的容器使用前后需使用0.2%含氯消毒剂或75%酒精进行擦拭或喷洒消毒。
⑤塑料或玻璃材质物品清洁：使用0.2%含氯消毒剂或过氧乙酸或过氧化氢擦拭或喷洒。
（5）转运容器消毒
转运及存放样本的容器使用前后需使用有效氯含量为0.2%的消毒剂或75%酒精进行擦拭或喷洒消毒。
目前市场上很多实验室用消毒机可以非常方便的用于PCR实验室的消毒。这些空间消毒器可以像机器人一样使用无线平板进行操控，随时启停，消毒者在实验室之外就可以完成整个消毒过程，避免了正常时间及突发状况下操作人员为关闭设备而暴露在过氧化氢气雾中。
研究认为，与汽化过氧化氢相比，干雾过氧化氢消毒可同时降低环境物表污染和空气中的微生物含量，作为非接触式的消毒方式其在环境终末消毒效果显著，同时安全性能良好。一台过氧化氢干雾发生器的灭活效力优于两台汽化过氧化氢发生器，且更省时间。
润联旗下比林科汉系列干雾过氧化氢消毒机不会使实验室设备、仪器等物体表面潮湿和凝液，从而实现实验室高效快速的消毒灭菌，并且保证了灭菌效果。
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