食品中的微生物按照其对人类有无危害可分为两类：一类是有益菌，例如酵母菌、乳酸菌等，可用来酿造美酒或腌制咸菜。另一类是有害菌：例如大肠菌群及其他肠道性致病菌，它们会引起食物中毒或引发传染病。食品中的细菌总数、大肠菌群是肯定要做检测的，而且有限值，致病菌要求不得检出，霉菌酵母菌部分食品有限制，北京智云达食安专家提醒。参考食品微生物检测的标准详细了解检测指标。
食品卫生质量的细菌污染指标是菌落总数和大肠菌群。食品中的细菌数量一般是以单位（g、ml）食品中细菌的个数来计，常用菌落总数来表示。利用菌落总数一方面可以起到监督食品的清洁状态的作用，另一方面可以用来预测食品的保藏期。大肠菌群是肠道致病菌污染的指示菌，它一般直接或间接来自人与温血动物粪便。食品中如检出大肠菌群，就表示食品曾受到污染。
菌落总数和大肠菌群是食品的卫生指标，绝大部分食品都需要检验这两个指标是否合格。其中，菌落总数培养时间是48小时，大肠菌群的检测时间也在24到72小时之间。按照国标要求，菌落总数和大肠菌群是食品企业出厂时必须检验的项目。
除卫生指标之外，食品中还需检验是否含有致病菌（致病菌不得检出），包括霉菌和酵母菌以及沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌等。致病菌的种类很多，并非所有食品所检致病菌都相同，常检的致病菌有沙门、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌等。
食品在检测过程中不能一概而论，根据产品的类别不同，检测项目也存在差别，一般可以按照产品和原材料等所属的卫生标准来确定检测的项目。由于食品被微生物污染引发的食物中毒等现象时有发生，尤其是夏季更适合微生物生长繁殖，尤其是食堂、学校等人群密集的地方，及时做好食品中的微生物检测工作很必要，北京智云达推出多款不同微生物检测纸片，还有食品微生物检测箱、食品安全检测箱等均适用。
