低聚果糖的应用基于低聚果糖良好的理化特性和生理，其在食品、、饲料等行业中得到了广泛应用。
1在普通食品中的应用低聚果糖热值低、热稳定性好，且具有抑制淀粉老化等特性，故可部分替代蔗糖添加到饼干、面包、月饼等烘焙食品中。添加有低聚果糖的烘焙食品甜味纯正，形状、颜色均较好，且具有促进有益菌增殖的，既营养又健康。此外低聚果糖还具有优良的溶解性、赋形性等特性，可应用于口香糖、花生软糖等糖果的生产中。
2在及特殊食品中的应用基于前述低聚果糖的生理，它在多种中得到应用。在国内市场上，有不少以低聚果糖为原料或辅料的，如保龄宝益生元、金畅通复合益生元、阿力果益生元、牌低聚果糖沙棘茶、修正药业的疏畅口服液、多微生牌铁锌钙氨基酸低聚果糖口服液等。根据国家食品药品监督管理总局的数据显示，以低聚果糖为主要原料的有213条.
在乳品、饮料中的应用1在奶粉中的应用低聚果糖比较适合添加在奶粉中生产婴儿配方和中老年人奶粉。婴幼儿和中老年人消化道功能都不是很好，而且容易缺钙，低聚果糖既有双歧杆菌增殖，还有、、促进矿物元素的吸收等。婴儿奶粉中低聚果糖的添加量在3% -5%为宜。目前伊利、秦俑、圣元、金洋等企业已有不少添加低聚果糖的奶粉。
2在发酵酸奶中的应用在发酵乳制品中增加低聚果糖，可以作为产品中活菌提供营养源，增强活菌作用，延长保质期。酸奶是乳品中发展速度快的一个品牌之一，近年来添加了低聚果糖等低聚糖的双歧因子保健酸奶很流行。低聚果糖在酸奶中的添加量大约为6%。
3在风味乳饮料中的应用在风味乳饮料中加入低聚果糖可很大程度增加乳饮料的营养和保健功能。低聚果糖在风味乳饮料中的添加量为6%-8%
4在乳酸菌饮料中的应用活性菌饮料含有一定量的有益菌，经人体消化后会大量减少。非活性菌饮料的营养保健功能极为有限。添加低聚果糖可提高乳饮料的营养功能成分，低聚果糖在乳酸菌饮料中的添加量约为6%低聚果糖具有多种优越的生理功能，是集营养、保健、疗效于一体的新型糖源，在国内外乳制品行业中得到了广泛应用，如添加到奶粉、酸奶和纯牛奶等乳品中。国内添加有低聚果糖的产品有：蒙牛公司出品的欧世超金佳智婴儿配方奶粉、金装学生多维高钙高锌奶粉，伊利公司出品的超金装婴儿配方奶粉、倍冠婴儿配方奶粉，君乐宝乳业出品的君乐宝婴儿配方奶粉等。
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