木瓜蛋白酶（Papain），又称木瓜酶，是一种蛋白水解酶。木瓜蛋白酶是番木瓜（Carieapapaya）中含有的一种低特异性蛋白水解酶，广泛地存在于番木瓜的根、茎、叶和果实内，其中在未成熟的乳汁中含量丰富。木瓜蛋白酶的活性 含，属于巯基蛋白酶，它具有酶活高、热稳定性好、天然卫生安全等特点，因此在食品、医药、饲料、日化、皮革及纺织等行业得到广泛应用。
组成结构番木瓜未成熟果实中含有木瓜蛋白酶(Papain)、木瓜凝乳蛋白酶A(Chymopapain A )、木瓜凝乳蛋白酶B(Chym opapain B )、木瓜肽酶B (PapayaPeptidase B ) 等多种蛋白水解酶。且已知四种蛋白酶的一级结构具有高度的同源性。其中，木瓜蛋白酶属巯基蛋白酶，可水解蛋白质和多肽中赖氨酸的羧基端，并能优先水解那些在肽键的N-端具有二个羧基芳香的肽键。
木瓜蛋白酶是一种蛋白水解酶，分子量为23406，由一种单肽链组成，含有212个残基。至少有三个残基存在于酶的活性 部位，他们分别是Cys25、His159和Asp158，当Cys25被氧化剂氧化或与金属离子结合时，酶的活力被抑制，而还原剂（或亚硫酸盐）或EDTA能恢复酶的活力 。另外六个残基形成了三对二硫键,且都不在活性部位。
木瓜蛋白酶性状： 白色至浅棕黄色无定形粉末，有一定吸湿性，或为液体。溶于水和甘油，水溶液无色至淡黄色，有时呈乳白色，几乎不溶于乙醇、氯仿和乙醚等溶剂。木瓜蛋白酶由木瓜制得的商品酶制剂中，含有如下三种酶： 1.木瓜蛋白酶，分子量21000，约占可溶性蛋白质的10％； 2.木瓜凝乳蛋白酶 ，分子量36000，约占可溶性蛋白质的45％； 3.溶菌酶，分子量25000，约占可溶性蛋白质的20％。其主要作用是对蛋白质有极强的加水分解能力。适作用温度为65℃，适作用PH值为5.0~7.0，在中性或偏碱性时亦有作用，耐热性强，可在50~60℃时使用。90℃时不会完全失活。等电点pH8.75.
木瓜蛋白酶用途： 酶制剂。木瓜蛋白酶主要用于啤酒抗寒（水解啤酒中的蛋白质，避免冷藏后引起的浑浊）、肉类软化（水解鸡肉蛋白和胶原蛋白，使肉类嫩化）、谷类预煮的准备、水解蛋白质的生产。在啤酒抗寒和肉类软化方面的应用，远比其他蛋白酶类广泛。用量一般为1~4mg/kg.
纯木瓜蛋白酶制品可含有：（1）木瓜蛋白酶，分子量21000，约占可溶性蛋白质的10%；（2）木瓜凝乳蛋白酶，分子量26000，约占可溶性蛋白质的45%；（3）溶菌酶，分子量25000，约占可溶性蛋白质的20%；及纤维素酶等不同的酶。
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