木瓜蛋白酶是一种蛋白水解酶，分子量为23406，由一种单肽链组成，含有212个氨基酸残基。至少有三个氨基酸残基存在于酶的活性中心部位，他们分别是Cys25、His159和Asp158，另外六个半胱氨酸残基形成了三对二硫键,且都不在活性部位。纯木瓜蛋白酶制品可含有：（1）木瓜蛋白酶，分子量21000，约占可溶性蛋白质的10%；（2）木瓜凝乳蛋白酶，分子量26000，约占可溶性蛋白质的45%；（3）溶菌酶，分子量25000，约占可溶性蛋白质的20%；及纤维素酶等不同的酶。
名称 木瓜蛋白酶别名 木瓜酶、番木瓜酶英文名 Papain法定编码 EC 3.4.22.2；CAS[9001-73-4]
《GB 2760-2011 食品安全国家标准 食品添加剂使用标准》规定，木瓜蛋白酶可用作食品工业在的加工助剂（酶制剂）。一般应在制成成品之前除去（规定有残留量者除外）。
木瓜蛋白酶主要用于啤酒抗寒（水解啤酒中的蛋白质，避免冷藏后引起的浑浊）、肉类软化（水解肌肉蛋白和胶原蛋白，使肉类软化）、谷类预煮的准备、水解蛋白质和肉类香料的生产。在啤酒抗寒和肉类软化方面的应用远比其他蛋白酶类广泛。用量一般为1～4mg/kg促使饼干中面筋的分解，以使成品松软。肉类软化有多种蛋白酶可用，比较如下表所列。
嫩化肉所需酶量比较酶名称 嫩化肉所需酶量/（酶单位/克肉）木瓜蛋白酶 2.5菠萝蛋白酶 5.0无花果蛋白酶 5.0枯草杆菌中性蛋白酶 75米曲霉蛋白酶 100黑曲霉蛋白酶 200根霉蛋白酶 250通过测定嫩肉粉中木瓜蛋白酶的酶活力大小，可判断嫩肉粉质量优劣的参考依据：把嫩肉粉溶于盐酸半胱氨酸溶液，取该混合液与酪蛋白溶液反应10min，用紫外分光光度法测得反应所生成酪氨酸的含量。该方法具有较好的准确性和重现性。以每分钟水解酪蛋白生成1ug酪氨酸所需样品的量为1个酶活力单位。
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