栀子蓝色素广泛用于硬糖、果胶、琼脂、布丁、马希马洛糖、饼干、松蛋糕、蛋糕预制粉、稀奶油、冰淇淋、乳制品、蔬菜、青豆等罐头、饮料、果汁等的着色，为蓝色着色剂。
在食品加工中直接着色不多，主要用于与天然的黄色素如栀子黄色素、红花黄色素等配伍，调配出不同色泽的绿色素，与提取的叶绿素相比，用栀子蓝色素调配的绿色素色调可以控制、耐酸性好，可用于偏酸性的食品、饮料中。另外栀子蓝色素还可与各种天然的红色素配伍，调配出不同色调的紫色。因此栀子蓝色素在食品加工中有较广阔的应用范围。
栀子蓝色素在食品、饮料、化妆品中的添加成本并不高，使用量为0.005%-0.01%之间，折算为单位成本约为0.025－0.05元/kg，当然与合成色素相比还是要高一些，合成色素在食品加工中的单位成本几乎为零，正是因为价格便宜，合成色素在食品上有滥用、超量使用的现象，这对人们的健康是不利的。
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