红曲色素是深紫红色液体或粉末或糊状物，略带异臭，不溶于水、甘油，易溶于中性及偏碱性水溶液。在pH4．0以下介质中，溶解度降低，极易溶于乙醇、丙二醇、丙三醇及它们的水溶液。熔点160一192℃，水溶液吸收波长为(490土2)nm，乙醇溶液吸收波长为470nm，溶液为薄层时为鲜红色，厚层时带黑褐色并有荧光。对环境pH稳定，几乎不受金属离子（Ca 2+、Mg 2+、Fe 2+、Cu 2+）和0.1%过氧化氢、维生素C、亚硫酸钠等氧化剂、还原剂的影响。耐热性及耐酸性强，其醇溶液对紫外线相当稳定，但经阳光直射可使其退色。对蛋白质着色性能极好，一旦染着，即不掉色。
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