利用微波对液体进行透射、衍射、干射、偏振以及伴随着电磁波能量，使液体水分子松弛改变排列从而杀死全部细菌。60-75度杀死一般菌落（大肠杆菌、酵母菌、葡萄球菌）等，85度杀死全部芽孢菌。
杀菌机主要特点是：
1.杀菌彻底不需防腐，长期存放不霉变，营养不流失并保持原有的色、香、味。
2.微波杀菌比其它设备杀菌节约时间50%，比其它电设备节省电40%。
3.没有工业废水，不污染环境，符合国家环保要求。
4.微波还可对白酒催熟酿化，每催化一次减少窖存时间3-6个月。
5.微波杀菌机体积小占地面积少，加工速度快，维修操作方便是当前理想的杀菌设备。
微波杀菌主要对象：
保健酒、黄酒、葡萄酒、红酒、牛奶、果蔬饮料、花饮料、茶饮料、蛋白饮料、保健饮料、香醋、酱油、豆浆、调味汁、白酒催熟酿化等瓶装、罐装液体。
果汁饮料微波杀菌是在果汁饮料罐装前杀菌和罐装后杀菌2种操作模式，一般玻璃瓶装的果汁饮料可以在罐装后杀菌，塑料袋，塑料瓶，铝箔无菌袋包装的需要在罐装前杀菌。果汁饮料罐装后杀菌技术是采用隧道式微波杀菌设备连续式生产，一般设备是左进右出，流水作业，在出料后端可以加装强风冷却段，这样杀菌后可以帮助产品降温，微波杀菌技术是电磁和温度2个效应，和其它的杀菌方式不一样，杀菌的温度一般是75-85度之间，时间再5-8分钟左右，所以杀菌出来的果汁饮料口感好，保质期长。果汁饮料罐装前微波杀菌技术是采用罐子的形式，先将需要杀菌的果汁先放在杀菌罐内，一次可以放800-1000升得容量，经过微波1-2个小时的杀菌，就可以罐装；微波杀菌罐还可以匹配搅拌机搅拌，管道泵循环，冷凝器降温，通过冷凝器将温罐装前果汁的温度可以降到30-40度，甚至可以更低的温度。
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