另外影响紫锥菊品质重要的因素莫过于病虫害，病虫害也会影响到活性成分的含量，例如根腐病、霉浆病( mycoplasma )都会减少菊苣酸含量达 50% 以上。如果紫锥菊罹患根腐病而未发觉，不仅会影响周遭健康的植株，加工萃取之后也会影响到萃取液的安定性和风味，因此在材料收获时即须严加控管。紫锥菊提取物主要成份菊苣酸是使用广泛的药用植物，一般用于感冒、牙疼、毒蛇咬伤和其它外伤。美国多年以来应用其作为增强免疫系统和清血的替代医药，特别是在季节变化和感冒咳嗽多发季节。
紫锥菊的主要活性成分，多酚，咖啡酸衍生物和多糖
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