1、新引进的 菌种经形态、染色、培养性状、生化特性等的鉴别确定后作记录，并进行保存。
2、长期保存的储存菌株以 冷冻干燥保藏为主， 特殊要求的菌种可用其它方法进行保存，保存期可长达几年至几十年。
3、半储存菌株以含20%甘油的肉汤或液体 石腊封存的半固体琼脂为主，在0℃以下保存，保存期为3－6个月。
4、应用菌株以琼脂斜面为主，在4℃保存， 保存期为1－3个月。
5、菌种的 传代不可超过6次。视菌种的特性及使用情况，一般储存菌株每5年传记代一次，每1-2年从储存菌株转接至半储存菌株，半储存菌株每3-6个月传代一次，每1-3个月从半储存菌株转接接至应用菌株。
6、每次检验用的菌株必须是从应用菌株转接的新鲜菌株。每支应用菌株用两次后必须销毁（121℃，0.1MPa高压灭菌处理15分钟以上）。
7、各级保存的菌株应有明确的编号、名称、 传代数、日期等到标识。
8、菌种的收发、保存、使用、传代等应及时认真详细地登记，以备查核。
9、在保存过程中，如发生污染退化等问题，应及时报告，以便处理。
ATCC是美国的一个微生物菌株保藏中心。
每种已经定名的细菌都会有一个模式菌株，一般就是该种早发现的那株菌株，称为标准菌株，用来作为和其他细菌之间比较的对照物。新种鉴定的时候作为参比的实验菌株就必须是标准菌株。
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