此UltraClean®-htp 96 Well Swab DNA Kit于裂解释放低微生物丰度和含极少抑制因子棉拭子、纸张或滤纸等样品中微生物细胞的DNA，供直接PCR扩增做元基因组学分析。非DNA提取试剂盒。
操作预览
把样品加入到96孔珠磨研磨板进行充分均质化。细胞在机械和化学双重作用力下裂解。释放的DNA可直接用于PCR扩增、第二代测序等其它下游应用。
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深入研究
图片1. PCoA图显示根据不同清洁方案标记颜色的样品的分布情况。 使用96孔棉拭子DNA直接PCR试剂盒（UltraClean®-htp 96 Well Swab DNA Kit） 释放从健身器材收集的棉拭子的DNA。每个点代表一个样品，3个不同颜色代表三种不同清洁方案：喷雾清洁剂（蓝点）、清洁湿巾（红点）以及不定期清洁（绿点）。分组颜色点从质量上显示设备的清洁程度如何影响样品的组成。在随后的继续采样研究中进一步说明设备清洁对微生物多样性结构的显著影响。
图2. 使用 UltraClean®-htp 96 Well Swab DNA Kit 制备的DNA直接qPCR扩增。 用无菌涤纶拭子收集过夜的大肠杆菌培养物沉淀，通过96孔棉拭子DNA直接PCR试剂盒（UltraClean®-htp 96 Well Swab DNA Kit）释放DNA于500μL体积溶液中。取1μlDNA释放原液及原液的10倍稀释溶液用Bact/Pro引物作16s qPCR扩增。剩余DNA释放原液使用MO BIO的SwiftMag® 磁珠技术通过Thermo Scientific KingFisher® Duo自动处理系统纯化。DNA纯化洗脱至50μl （相当于对DNA原始释放液10倍浓缩）。取1μl浓缩DNA及浓缩DNA的10倍稀释液按上述方案作qPCR。1μlDNA释放原液的Cq值与纯化浓缩又被10倍稀释的DNA的Cq值相近，表明在DNA释放和纯化过程中没有DNA损失。此外，结果还表明，对于不含抑制因子的样品，使用96孔棉拭子DNA直接PCR试剂盒（UltraClean®-htp 96 Well Swab DNA Kit）释放的DNA纯度足够用于qPCR。
图片3. 微生物在给定时间内的分类总结图示。 使用96孔棉拭子DNA直接PCR试剂盒（UltraClean®-htp 96 Well Swab DNA Kit）释放从健身器房哑铃上收集的棉拭子DNA。在微生物门分类水平对某个哑铃进行为期三天的追踪。检测到的门类包含放线菌（紫色）、杆菌（蓝色）、蓝藻（棕色）、厚壁菌（绿色）、变形菌（粉色）和"其他"细菌（黄色）。
图片4. 两天内健身房长凳的β多样性图。 使用96孔棉拭子DNA直接PCR试剂盒（UltraClean®-htp 96 Well Swab DNA Kit）释放从健身房长凳上收集的棉拭子DNA。Unifrac distances用于确定，在特点时间段内，不同时间点之间的差异。从零分计时，以随着时间推移多样性改变数据绘图。
*Data courtesy of Mariah Wood1, 2, Jarrad Hampton-Marcell1, and Jack Gilbert1, Argonne National Laboratory1, Argonne, IL and Weinberg College of Arts and Sciences, Northwestern University, Evanston, IL2.
提取棉拭子RNA
PowerMicrobiome RNA Isolation Kit专门设计用于快速简便提取富含PCR抑制因子样品的总RNA。使用这款试剂盒提取棉拭子，可把棉拭子直接放入含有650μl PM1/βME Solution的Bead Tube中。若棉拭子之前是冷冻保存的，请确保在放入到Bead Tube前没被化冻。样品的反复冻融会破坏细胞，并释放大量RNase到样品中。样品一拿出冰箱就直接放入到缓冲液中。在缓冲液中搅动棉拭子，静置数分钟以释放细胞到溶液中。如果棉拭子的头部可以弄下来，就把它留在研磨管中。否则对着管壁尽可能把棉拭子中的水分挤压出来，跟着说明书余下步骤操作。
棉拭子的保存
最近问棉拭子保存方法的比用哪款试剂盒要多。客户会问到从采样到运送回到实验室前，应该加入什么样的缓冲液来保存棉拭子。"是什么都不要加"，这个答案或许让很多人感到惊讶。
科罗拉多大学Rob Knight实验室在国家科学院（PNAS）发布的一项关于储存条件对皮肤棉拭子细菌群落多样性影响的研究。报告中用湿润的无菌棉拭子擦拭皮肤表面后立刻置于-20℃或-80℃冷冻保存，或放在15ml 圆底Tube管自然干燥。样品静置3至14日后提取细菌DNA。随后的分析结果表明，几种不同的保存条件下的棉拭子细菌多样性几乎没有差异。对于距离冰箱很远的采样地点，未来要提取棉拭子DNA的你，可以松一口气了。
棉拭子是个好用的东东
你会发现，就算MOBIO名字上不带"棉拭子"，他们仍适合提取棉拭子样品。若你不确定该用哪款盒子，先想想抑制因子和细胞类型。而且你不需要用任何昂贵缓冲液保存棉拭子。
(1)Forensic identification using skin bacterial communities皮肤细菌群落辅助法医学鉴定
Noah Fierer, Christian L. Lauber, Nick Zhou, Daniel McDonald, Elizabeth K. Costello, and Rob Knight PNAS, Apr 2010; 107: 6477 – 6481.
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