微波杀菌是利用了电磁场的热效应和生物效应共同作用的结果。物料中的虫卵和细胞也会因分子*化驰豫，同时吸收微波升温，微波对细胞的热效应使蛋白质变性而死亡；微波对细胞的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的电位分布，影响细胞膜周围电子和离子浓度，从而改变细胞膜的通透性能，细胞因此营养不良，不能正常新陈代谢，细胞结构功能紊乱，生长发育受到抑制而死亡。此外，决定细胞正常生长和稳定遗传繁殖的核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA）是由若干氢键紧密连接而成的卷曲型大分子，够强的微波可以导致氢键松弛、断裂和重组，从而诱发遗传基因突变或染色体畸变。微波的生物效应在杀菌中起到了常规物理杀菌所没有的特/殊作用。
微波加热主要特点:
1、加热快速
微波加热它是使被加热物体本身成为发热体，不需要热传导过程。因此，尽管是热传导性较差的物料，也可以在短的时间内达到加热温度。
2、均匀加热
无论物体各部位形状如何，微波加热均可使物体表里同时均匀渗透电磁波而产生热能。所以物体内外加热均匀性基本一致。
3、节能高效
在微波加热过程中除了被加热物料升温外，几乎无其它损耗。故热效率高、节能。
4、防酶、杀菌、保鲜
微波加热具有热效应和生物效应，能在较低温度下杀菌和防酶保鲜。由于加热速度快、时间短，能大限度地保存物料的活性和原有物料的色泽和营养成分。微波干燥杀菌机
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