日前，由中国水产科学研究院淡水渔业研究中心徐跑研究员领衔的“长江重要种质资源评估与保护创新团队”，联合深圳华大基因简建波研究员团队在洄游型刀鲚遗传资源解析方面取得新进展。
团队结合牛津纳米孔技术（ONT）超长和PacBio HiFi（高保真度）数据，借助高通量染色体构象捕获技术（Hi-C），获得了高连续性、完整性和准确性的刀鲚无间隙基因组。无间隙全基因组组装的结果能够解析刀鲚的全面遗传信息，为刀鲚的进一步分子研究提供遗传学基础。
团队对来自江苏泰州段的洄游型刀鲚Coilia nasus进行了无间隙基因组组装，利用PacBio HiFi（～43×）、ONT ultra-long（～100×）及Hi-C（～100×）技术组装得到首个0 gap的刀鲚完整基因组。该基因组大小为851.67 Mb，contig N50达到35.42 Mb，BUSCO为92.5%。注释共获得21971个基因，重复序列占比为45.17%。
相关成果论文“Gap-free genome assembly of anadromous Coilia nasus”发表在期刊《Scientific Data》上。南京农业大学马凤娇博士、淡水中心王银平副研究员、华大基因苏碧秀博士和赵辰曦博士为共同第一作者，淡水中心徐跑研究员、殷国俊研究员、刘凯研究员和华大基因简建波研究员为通讯作者。
论文全文地址：https://www.nature.com/articles/s41597-023-02278-w
日期：2023-11-23
