4月23日，国际知名杂志 New Phytologist （IF=10.151/Q1）在线发表了山东省农业科学院种质资源所花生栽培与生理生态创新团队联合北京林业大学等单位合作研究成果 SubPhaser: A robust allopolyploid subgenome phasing method based on subgenome- specific k- mers （https://nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/ nph.18173, DOI: 10.1111/ nph.18173） 。该研究针对异源多倍体物种基因组组装中亚基因组识别的难题，开发出异源多倍体亚基因组识别的新算法，对从亚基因组角度探索同源基因的功能分化及后续基因组演化相关遗传机制奠定了基础。山东省农业科学院为第一产权单位，种质资源所贾凯华博士为第一作者，李国卫研究员为通讯作者。
多倍化是植物中普遍存在的演化方式，对形态、生理和适应性变异的形成具有重大贡献，在作物育种中具有突出应用价值，可促进重要性状定向改良，如芸苔属的多样化形态等。农作物多倍体同时具有两个（或多个）基因组，其杂合优势和倍性优势，带来更高的农业利用价值。
对于二倍体祖先未知或者不明确的异源多倍体，其亚基因组准确识别难度较高，严重限制了多倍体基因组学和遗传学研究，阻碍了多倍体遗传育种的发展。为此，该团队基于全基因组 DNA 序列分布特征，推断代表各亚基因组的特异性重复序列，开发了异源多倍体亚基因组精准识别新算法及分析软件-SubPhaser。利用二倍体祖先种明确的六倍体小麦、四倍体花生等多倍体植物基因组数据验证了该算法的可靠性。该算法除了可以识别亚基因组外，还可以识别亚基因组间的同源交换区，亚基因组特异的重复序列以及推断祖先物种从分化到杂交的时间，为农作物的起源及演化研究开辟了新路径。该研究得到“泰山学者计划”、中央引导地方、院创新工程等项目的资助。
该软件可免费获得使用：https://github.com/zhangrengang/SubPhaser。
日期：2022-04-25
