水产品质量安全越来越受到人们的关注，为了保证水产品国际贸易的顺利进行和我国人民身体健康，我国政府还采取了一系列监管措施，如规定了水产养殖禁用药物，提倡在水产养殖生产中使用生物制剂，少用化学药物等。目前，光合细菌作为一种有益微生物已开始在水产养殖上发挥重要作用。
1、水质净化剂
光合细菌能充分利用育菌水体中的有害物质，如利用硫化氢、氨、有机酸等有毒物质以及其他有机污染物质，作为菌体生长、繁殖的营养成分。在育苗和养殖水体中，它是一类水质净化营养菌，具有清池和改良环境的作用。
2、饲料添加剂
将光合细菌液以1%—5%的量添加到对虾饵料中，可提高对虾的产量。添加新鲜菌液的效果，要明显优于添加经真空干燥菌体和热喷干燥菌体的效果。
3、鱼、虾、贝幼体的饵料
光合细菌营养价值高，在亲贝的蓄养和幼虫培育中均可作为辅助饵料投喂。光合细菌在育苗中的应用，一般对促进幼体生长、变态和提高成活率等方面有明显效果，极大地提高了产量。其主要作用有两方面，一是净化水质，改善幼体的环境条件；另一方面作为饵料被幼体摄食（贝类幼体和对虾幼体的蚤状阶段都能直接摄食光合细菌）。
4、浮游动物的饵料
用光合细菌和小球藻的混合液培养卤虫、轮虫和枝角类，能大量节省藻类，使用也非常简便，效果很好。
要注意的是：光合细菌对抗菌素较为敏感，因此，在育苗池中加投光合细菌时，应避免投放较高浓度的抗菌素
